Glossar
From Bioinformatik Wiki
A
Alignment
Algorithmus
Assembly
B
Benjamini-Hochberg-Prozedur
Bonferroni-Korrektur
Burrows-Wheeler Transformation
C
Contiq: Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken.
Coverage
D
E
F
G
H
I
J
K
L
Lander-Waterman-Modell
Library
M
N
O
P
Q
R
reads: Aus der RNA-Seq. erhaltene Fragmente sequenzierter RNA. Diese können anschließend einem Refernezgenom zugeordnet werden.
RNASeq: Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle durch NGS-Methoden. Dazu muss die mRNA durch Reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden.
RPKM: Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads
S
Scaffold
Smith-Waterman Algorithmus