Glossar: Difference between revisions
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[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung|Coverage]] | [[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung|Coverage]]: Die Anzahl der reads an einer beliebigen Stelle der Sequenz, die diese abdecken | ||
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Revision as of 16:23, 28 September 2021
A
Alignment
Algorithmus
Assembly: Bioinformatisches Verfahren, bei dem überlappende reads erst zu Contings und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt werden.
B
Benjamini-Hochberg-Prozedur
Bonferroni-Korrektur
Burrows-Wheeler Transformation
C
Contiq: Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken
Coverage: Die Anzahl der reads an einer beliebigen Stelle der Sequenz, die diese abdecken
D
E
F
G
H
I
J
K
L
Lander-Waterman-Modell
Library
M
N
O
P
Q
R
reads: Aus der RNA-Seq. erhaltene Fragmente sequenzierter RNA. Diese können anschließend einem Refernezgenom zugeordnet werden.
RNASeq: Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle durch NGS-Methoden. Dazu muss die mRNA durch Reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden.
RPKM: Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads
S
Scaffold
Smith-Waterman Algorithmus
