Vergleich RNAseq - Microarrays
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Vergleich von Microarray und RNASeq
Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von RNASeq und Microarray.
| Eigenschaft | Microarray | RNASeq |
|---|---|---|
| Kosten | in etwa gleich (Microarrays sind unter Umständen etwas billiger) | |
| Methode | Transcriptomics | |
| Analyse von RNA | ||
| Vorgang bis zur Herstellung der cDNA gleich | ||
| Prinzip | Hybridisierung | Hochdurchsatz Sequenzierung |
| Auflösung | einige bis 100 bp | Einzelbase |
| Hintergrundrauschen | hoch | gering |
| Dynamischer Bereich | bis 100fach | > 8000fach |
| Isoformen | teilweise | ja |
| Benötigte RNA-Menge | hoch | gering |
Isoformen: Varianten eines Gens/RNA/Proteins - Bspw. fehlt beim Splicen ein Exon --> andere Funktion
Zum Nachlesen: https://www.chemie.de/lexikon/Isoform.html
Dynamischer Bereich: Bereich, indem die Genexpression unterschiedlicher Proben innerhalb eines Versuches gemessen werden kann. Beim Microarray ist dies beispielsweise limitiert durch das Hintergrundrauschen einerseits und die Signalsättigung andererseits. Deswegen ist der dynamische Bereich hier kleiner als bei RNASeq, die durch viele diskrete, digitale reads die Expression in einem deutlich größeren Bereich quantifizieren kann.
