2 Transkriptom RNA Seq 1

Auf dieser Seite sind die Themen zusammengeführt, die in Vorlesung 2 am 18.04.2019 behandelt wurden.

Biologische Fragestellung

Da NAT8L in euren Prostatakarzinomzellen erhöht exprimiert ist, habt ihr euch entschlossen die Genexpression durch RNAi (RNA Interferenz) zu silencen.

Experiment

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Sanger Methode

Als Wiederholung:

Next Generation Sequencing (NGS)

Illumina Sequencing (2nd Generation Sequencing)

Ergebnis der Illumina Sequenzierung:

• Länge der reads 50-600bp
• Fehlerrate ca. 0,1%
• humanes Genom kann 30x am Tag sequenziert werden
• Daten werden in FASTQ Format geliefert

FASTQ

Beispiel:

@identifier <-- Sequenz ID
GATCTT <-- Sequenz
+ irgendeine Beschreibung <-- optionale Beschreibung
!'CC'*+*!? <-- Qualität für jedes Level (Zahlenwert repräsentiert durch ASCII Tabelle

Sequenzabdeckung

G: Länge der Genomsequenz
N: Anzahl der reads
L: durchschnittliche Länge der reads
c: Coverage (Abdeckung)

c=/frac{N*L}{G}