RPKM

RPKM

RPKM steht für 'Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads' und ist eine Normalisierungsmethode für Expressionsstärken von Genen aus einer Probe.

Formel	Parameter
[math]\displaystyle{ RPKM = \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i} \cdot N} }[/math]	ci = Anzahl an ausrichtbaren reads für ein Transkript 'i' Li = Länge des Transkripts/Gens 'i' in kbp N = Gesamtanzahl an ausrichtbaren reads in Millionen

 [math]\displaystyle{    \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i}}  }[/math]  → Normalisierung der Genlänge 

 [math]\displaystyle{  L_\text{i} \cdot N  }[/math] → Normalisierung der Sequenziertiefe 

Je höher der RPKM-Wert ist, desto höher ist die Genexpression.
RPKM-Werte können gut zum Vergleich der Genexpressionen innerhalb einer Probe genutzt werden, jedoch sind sie nicht dafür geeignet mehrere Experimente bzw. Proben miteinander zu vergleichen.

Beispiel:

• [math]\displaystyle{ RPKM (A) = \frac{12}{0,6 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 3,33 \cdot 10^{-6} }[/math]
  
• [math]\displaystyle{ RPKM (B) = \frac{24}{1,1 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 3,64 \cdot 10^{-6} }[/math]
  
• [math]\displaystyle{ RPKM (C) = \frac{12}{1,4 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 1,43 \cdot 10^{-6} }[/math]
  
  

Durch die Normalisierung der Expressionsstärken können diese nun miteinander vergleichen werden.In diesem Beispiel wird Gen B am stärksten exprimiert und Gen C am schwächsten.