TPM

TPM

TPM steht für 'Transcripts per Million' und ist eine Normalisierungsmethode für Expressionsstärken von Genen einer Probe.

Formel	Parameter
[math]\displaystyle{ TPM = \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i}} \cdot \dfrac {1}{\sum_\text{n} \dfrac {c_\text{n}}{L_\text{n}}} \cdot 10^6 }[/math]	ci = Anzahl an ausrichtbaren reads für ein Transkript 'i' Li = Länge des Transkripts/Gens 'i' in bp N = Gesamtanzahl an ausrichtbaren reads in Millionen

Wenn 1 Millionen Transkripte sequenziert würden, wäre TPM_i die Anzahl an Transkripten des Types 'i'.
Beispiel:

• [math]\displaystyle{ TPM (A) = \frac{ 12}{600} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 402614 }[/math]
  
• [math]\displaystyle{ TPM (B) = \frac{ 24}{1100} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 439216 }[/math]
  
• [math]\displaystyle{ TPM (C) = \frac{ 11}{11400} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 158170 }[/math]
  

Nach der Normalisierung ist ein Vergleich der Genexpressionen möglich. Das Ergebnis gibt an, wie viele Transkripte der Gene entstehen würden, wenn 1 Millionen Transkripte sequenziert werden würden. So würde man z.B. für Gen B 429216 Transkripte erhalten und für Gen C 158170 Transkripte, somit wird Gen B stärker exprimiert, als Gen C.