3 Alignments: Difference between revisions
From Bioinformatik Wiki
No edit summary |
No edit summary |
||
| Line 40: | Line 40: | ||
== Lokales Alignment == | == Lokales Alignment == | ||
* Alignment von Teilsequenzen | |||
* Vergleich zweier sehr unterschiedlicher Sequenzen, die aber gleiche Motive besitzen | |||
*Suche einer Gensequenz im Genom | |||
<br> | |||
<br> | |||
Beispiel:<br> | |||
{| | |||
|- | |||
|A||T||G||C||A||T||T||A||C | |||
|- | |||
| || || ||C||T||T||T||A|| || | |||
Revision as of 21:32, 12 May 2019
Auf dieser Seite sind die Themen zusammengeführt, die in Vorlesung 3 am 25.04.2019 behandelt wurden.
Alignments
→ Für ein Alignment werden spezielle Algorithmen benötigt.
Sequenz Alignments
- Ähnlichkeit quantitativ bestimmbar
- Erkennung ähnlicher Domänen
- erfordert das Einfügen von "gaps"
Globales Alignment
- alle Symbole werden berücksichtigt
- Vergleich ähnlicher Sequenzen mit ähnlicher Länge
Beispiel:
| H | A | U | S | K | L | A | U | S | ||
| ↓ | ||||||||||
| H | - | A | U | S | - | H | A | U | S | |
| K | L | A | U | S | K | L | A | U | S | |
| Score 8 | Score 8 | |||||||||
Bewertungsschema: S(a,b)={3 a=b match ;0 a≠b mismatch
| gaps: | S(a,-)=-1 Deletion |
| S(-,b)=-1 Insertion |
Lokales Alignment
- Alignment von Teilsequenzen
- Vergleich zweier sehr unterschiedlicher Sequenzen, die aber gleiche Motive besitzen
- Suche einer Gensequenz im Genom
Beispiel:
| A | T | G | C | A | T | T | A | C | |
| C | T | T | T | A |
