3 Alignments: Difference between revisions
From Bioinformatik Wiki
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Bewertungsschema: S | Bewertungsschema: S<sub>(a,b)</sub>={3 a=b match ;0 a≠b mismatch<br> | ||
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|gaps: || S<sub>(a,-)</sub>=-1 Deletion | |||
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== Lokales Alignment == | == Lokales Alignment == | ||
Revision as of 21:07, 12 May 2019
Auf dieser Seite sind die Themen zusammengeführt, die in Vorlesung 3 am 25.04.2019 behandelt wurden.
Alignments
→ Für ein Alignment werden spezielle Algorithmen benötigt.
Sequenz Alignments
- Ähnlichkeit quantitativ bestimmbar
- Erkennung ähnlicher Domänen
- erfordert das Einfügen von "gaps"
Globales Alignment
- alle Symbole werden berücksichtigt
- Vergleich ähnlicher Sequenzen mit ähnlicher Länge
Beispiel:
| H | A | U | S | K | L | A | U | S | ||
| ↓ | ||||||||||
| H | - | A | U | S | - | H | A | U | S | |
| K | L | A | U | S | K | L | A | U | S | |
| Score 8 | Score 8 | |||||||||
Bewertungsschema: S(a,b)={3 a=b match ;0 a≠b mismatch
| gaps: | S(a,-)=-1 Deletion |
| S(-,b)=-1 Insertion |
