10.BLAST: Difference between revisions
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Revision as of 19:38, 4 October 2020
Grundlagen
a: Was ist BLAST?
- Basic local alignment search tool
- Schnelle Suche einer Sequenz in einer Sequenzdatenbank
- Sequenz wird zur Suche in Teilsequenzen zerlegt
- kann zur Strukur- und Funktionsvorhersage dienen
b: Auf welchem Prinzip beruht BLAST? Erkläre die Funktionsweise.
Er sucht nach homologen Sequenzen in der Datenbank und berechnet zusätzlich eine statistische Signifikanz
- 1. Die 'query' Sequenz wird in Worte der Länge 'l' zerlegt (l = 3 für Proteine; l = 11 für DNA)
- 2. Für jedes Wort wird eine Liste ähnlicher Wörter (w-mers) mit Score S>Threshold erzeugt (Threshold=13 bei Aminosäuresequenzen; basierend auf der BLOSSUM62 Matrix)
- 3. Alle w-mers der Liste werden in der Datenbank gesucht und die Position bestimmt
- 4. Die Treffer werden erweitert, bis der Score kleiner wird
- 5. Ist der Score größer als der cutoff, handelt es sich um ein 'high-scoring-pair' (HSP)
- 6. HSPs werden durch lokales Alignment erweiter (Smith Waterman), der echte Alignment Score wird berechnet. Gaps können nun berücksichtig werden.
