6 Normalisierungen: Difference between revisions
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TPM steht für 'Transcripts per Million' | TPM steht für 'Transcripts per Million' | ||
==TMM== | ==TMM== | ||
TMM steht für 'Trimmed mean | TMM steht für 'Trimmed mean of M-values normalization method' | ||
<math> M_\text{gk}^\text{k`} = log_2 \dfrac { \dfrac {Y_\text{gk}}{N_\text{k}}}{ \dfrac {Y_\text{gk`}}{N_\text{k`}}} </math> | <math> M_\text{gk}^\text{k`} = log_2 \dfrac { \dfrac {Y_\text{gk}}{N_\text{k}}}{ \dfrac {Y_\text{gk`}}{N_\text{k`}}} </math> | ||
Revision as of 00:04, 30 May 2019
Auf dieser Seite sind die Themen zusammengeführt, die in Vorlesung 5 am 16.05.2019 behandelt wurden.
Normalisierungen
Normalisierungen der RNASeq-Daten sind notwendig, um diese vergleichbar machen zu können und die tatsächliche Genexpression quantifizieren zu können.
RPKM
RPKM steht für 'Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads'
TPM
TPM steht für 'Transcripts per Million'
TMM
TMM steht für 'Trimmed mean of M-values normalization method'
[math]\displaystyle{ M_\text{gk}^\text{k`} = log_2 \dfrac { \dfrac {Y_\text{gk}}{N_\text{k}}}{ \dfrac {Y_\text{gk`}}{N_\text{k`}}} }[/math]
Der Spaß hier wird morgen erweitert, hab mich nur mit den Formeln vertraut gemacht :D _ Vero
