3 Alignments: Difference between revisions
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== Globales Alignment == | == Globales Alignment == | ||
* Ausrichtung auf die gleiche Länge | |||
* alle Symbole werden berücksichtigt | * alle Symbole werden berücksichtigt | ||
* Vergleich ähnlicher Sequenzen mit ähnlicher Länge | * Vergleich ähnlicher Sequenzen mit ähnlicher Länge | ||
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Beispiel:<br> | '''Beispiel''':<br> | ||
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Bewertungsschema: S<sub>(a,b)</sub>={3 a=b match ;0 a≠b mismatch | Bewertungsschema: | ||
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S<sub>(a,b)</sub>={3 a=b match ;0 a≠b mismatch<br> | |||
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== Lokales Alignment == | == Lokales Alignment == | ||
Revision as of 21:10, 28 January 2021
Alignments
→ Für ein Alignment werden spezielle Algorithmen benötigt.
Sequenz Alignments
- Ähnlichkeit quantitativ bestimmbar
- Erkennung ähnlicher Domänen
- erfordert das Einfügen von "gaps"
Globales Alignment
- Ausrichtung auf die gleiche Länge
- alle Symbole werden berücksichtigt
- Vergleich ähnlicher Sequenzen mit ähnlicher Länge
Beispiel:
| H | A | U | S | K | L | A | U | S | ||
| ↓ | ||||||||||
| H | - | A | U | S | - | H | A | U | S | |
| K | L | A | U | S | K | L | A | U | S | |
| Score 8 | Score 8 | |||||||||
Bewertungsschema:
S(a,b)={3 a=b match ;0 a≠b mismatch
| gaps: | S(a,-)=-1 Deletion |
| S(-,b)=-1 Insertion |
Lokales Alignment
- Alignment von Teilsequenzen
- Vergleich zweier sehr unterschiedlicher Sequenzen, die aber gleiche Motive besitzen
- Suche einer Gensequenz im Genom
Beispiel:
| A | T | G | C | A | T | T | A | C |
| C | T | T | T | A |
Smith-Waterman Algorithmus
Dynamic programming: "divide and conquer", Aufteilen des Problems in Subprobleme
M0,0=0
M0,j=0
Mk,0=0
Mk,j=max(0, Mk-1,j+gp,Mk,j-1+gp,Mk-1,j-1+equal(k,j))
