Datenbanken: Difference between revisions

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'''[https://www.ebi.ac.uk/training-beta/online/courses/bioinformatics-terrified/what-makes-a-good-bioinformatics-database/primary-and-secondary-databases/ Primäre und Sekundäre Datenbanken]'''
Datenbanken sind Systeme in denen Daten verwaltet und dauerhaft gespeichert werden. Im Zuge der Vorlesung wird zwischen primären und sekundären Datenbanken unterschieden:
Datenbanken sind Systeme in denen Daten verwaltet und dauerhaft gespeichert werden. Im Zuge der Vorlesung wird zwischen primären und sekundären Datenbanken unterschieden:


primäre Datenbanken enthalten Genom oder RNA-Sequenzen, als Beispiel wurden hierfür [https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ EBI ArrayExpress] und [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ NCBI GEO] angeführt.  
'''Primäre Datenbanken''' enthalten experimentell ermittelte Daten, die als Rohdaten von Forschern zur Verfügung gestellt werden (archival database) z.B. [https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ ArrayExpress], [https://www.uniprot.org/ UniProt-Swissprot], [https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home/ ENA], [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ Genbank] und [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ NCBI GEO] angeführt.  
 
'''Sekundäre Datenbanken''' eenthalten hingegen abgeleitete oder vorhergesagte Daten, die das Ergebnis von Analysen und Literaturrecherchen sind. Es handelt sich hierbei oft um interpretierte Daten aus primären Datenbanken (curated database; knowledgebase) z.B. [https://www.uniprot.org/ UniProt-TrEMBL] oder [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home/ Expression Atlas].
 


sekundäre Datenbanken enthalten abgeleitete  und verlinkten Daten, also gefilterte Datensätze, vergleichende oder vorhergesagt Daten. Ein Beispiel hierfür ist [https://www.uniprot.org/ UniProt] oder [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ NCBI RefSeq].
'''Datenbanken'''
<dl>
  Transkriptom Datenbanken
  <dd>- https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
  <dd>- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
  <dd>- https://www.ebi.ac.uk/gxa/home</dd>
  Protein Datenbanken
  <dd>- https://www.uniprot.org/</dd>
  Genom Datenbanken
  <dd>- https://www.ebi.ac.uk/genomes/
  <dd>- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/</dd>
</dl>

Latest revision as of 20:21, 28 January 2021

Primäre und Sekundäre Datenbanken

Datenbanken sind Systeme in denen Daten verwaltet und dauerhaft gespeichert werden. Im Zuge der Vorlesung wird zwischen primären und sekundären Datenbanken unterschieden:

Primäre Datenbanken enthalten experimentell ermittelte Daten, die als Rohdaten von Forschern zur Verfügung gestellt werden (archival database) z.B. ArrayExpress, UniProt-Swissprot, ENA, Genbank und NCBI GEO angeführt.

Sekundäre Datenbanken eenthalten hingegen abgeleitete oder vorhergesagte Daten, die das Ergebnis von Analysen und Literaturrecherchen sind. Es handelt sich hierbei oft um interpretierte Daten aus primären Datenbanken (curated database; knowledgebase) z.B. UniProt-TrEMBL oder Expression Atlas.


Datenbanken

Transkriptom Datenbanken
- https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
- https://www.ebi.ac.uk/gxa/home
Protein Datenbanken
- https://www.uniprot.org/
Genom Datenbanken
- https://www.ebi.ac.uk/genomes/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
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