11 BLAST II: Difference between revisions
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Dabei wird stets ein E-value zusammen mit dem Ergebnis rausgegeben. Dieses liefert einen Hinweis auf zufälliges Hintergrundrauschen der Suche. Je niedriger de E-value, desto signifikanter ist das Suchergebnis. | Dabei wird stets ein E-value zusammen mit dem Ergebnis rausgegeben. Dieses liefert einen Hinweis auf zufälliges Hintergrundrauschen der Suche. Je niedriger de E-value, desto signifikanter ist das Suchergebnis. | ||
Doch wie können nun Ergebnisse einer BLAST Analyse verglichen werden? | |||
Zum Nachlesen von 'E-value' ist das FAQ der BLAST Domain hilfreich: What is the Expect (E) value? | |||
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== Bewertung von BLAST Ergebnissen == | == Bewertung von BLAST Ergebnissen == | ||
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L T S L A Q | L T S L A Q | ||
S = +4 0 +4 +1 -4 +2 = '''7''' | S = +4 0 +4 +1 -4 +2 = '''7''' | ||
'''Score hängt von der Sequenzlänge, Substitutionsmatrix und 'gap penalty' ab und kann daher nicht direkt verglichen werden''' | |||
* Lösung: '''Bit score''' | |||
* log_2 skalierte Version des normalisierten Scores | |||
* Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält | |||
Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Such-Raum der Größe 2^20 durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (2^20 = 1.048.576) |
Revision as of 01:52, 5 October 2020
Protein - Protein - BLAST: Liefert eher Ergebnisse, die im Hinblick auf Funktionsebene interessant sind
Dabei wird stets ein E-value zusammen mit dem Ergebnis rausgegeben. Dieses liefert einen Hinweis auf zufälliges Hintergrundrauschen der Suche. Je niedriger de E-value, desto signifikanter ist das Suchergebnis.
Doch wie können nun Ergebnisse einer BLAST Analyse verglichen werden?
Zum Nachlesen von 'E-value' ist das FAQ der BLAST Domain hilfreich: What is the Expect (E) value? https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect
Bewertung von BLAST Ergebnissen
Score 'S'
L A S V - E BLOSUM62 gap penalty = -4 L T S L A Q S = +4 0 +4 +1 -4 +2 = 7
Score hängt von der Sequenzlänge, Substitutionsmatrix und 'gap penalty' ab und kann daher nicht direkt verglichen werden
- Lösung: Bit score
- log_2 skalierte Version des normalisierten Scores
- Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält
Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Such-Raum der Größe 2^20 durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (2^20 = 1.048.576)