2 Transkriptom RNA Seq 1: Difference between revisions
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== FASTQ == | == FASTQ == | ||
Eine FASTQ-Datei ist folgendermaßen aufgebaut: </br> | |||
@identifier | @identifier ← Sequenz ID </br> | ||
GATCTT | GATCTT ← Sequenz </br> | ||
+ irgendeine Beschreibung | + irgendeine Beschreibung ← optionale Beschreibung </br> | ||
!'CC'*+*!? | !'CC'*+*!? ← Qualität für jedes Level (Zahlenwert repräsentiert durch [https://de.wikipedia.org/wiki/American_Standard_Code_for_Information_Interchange#ASCII-Tabelle ASCII Tabelle] </br> | ||
=== Problem === | |||
Viele kurze reads, die in einen Zusammenhang gebracht werden müssen! | |||
== Sequenzabdeckung == | == Sequenzabdeckung == | ||
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c: Coverage (Abdeckung) </br> | c: Coverage (Abdeckung) </br> | ||
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c=/ | «insert Formel hier» | ||
== Lander-Waterman-Modell == | |||
Mathematisches Modell zur Errechnung, durch Sequenzierung, nicht abgedeckter Basenpaare.</br> | |||
<big>P<sub>[nicht abgedecktes Bp]</sub> = e<sup>-c</sup></br></big> | |||
Beispiele:</br> | |||
c=10 → 1 Gap in 22000 Bp</br> | |||
c=22 → 1 Gap in 3,6*10<sup>9</sup> Bp</br> | |||
<big>(c meist bei 30)</big> | |||
Revision as of 14:28, 1 May 2019
Auf dieser Seite sind die Themen zusammengeführt, die in Vorlesung 2 am 18.04.2019 behandelt wurden.
Biologische Fragestellung
Da NAT8L in euren Prostatakarzinomzellen erhöht exprimiert ist, habt ihr euch entschlossen die Genexpression durch RNAi (RNA Interferenz) zu silencen.
Experiment
- insert pic here*
Sanger Methode
Als Wiederholung:
![400px][https://de.wikipedia.org/wiki/DNA-Sequenzierung#Didesoxymethode_nach_Sanger](/File:Didesoxy-Methode.svg)
Next Generation Sequencing (NGS)
Illumina Sequencing (2nd Generation Sequencing)
Ergebnis der Illumina Sequenzierung:
- Länge der reads 50-600bp
- Fehlerrate ca. 0,1%
- humanes Genom kann 30x am Tag sequenziert werden
- Daten werden in FASTQ Format geliefert
FASTQ
Eine FASTQ-Datei ist folgendermaßen aufgebaut:
@identifier ← Sequenz ID
GATCTT ← Sequenz
+ irgendeine Beschreibung ← optionale Beschreibung
!'CC'*+*!? ← Qualität für jedes Level (Zahlenwert repräsentiert durch ASCII Tabelle
Problem
Viele kurze reads, die in einen Zusammenhang gebracht werden müssen!
Sequenzabdeckung
G: Länge der Genomsequenz
N: Anzahl der reads
L: durchschnittliche Länge der reads
c: Coverage (Abdeckung)
«insert Formel hier»
Lander-Waterman-Modell
Mathematisches Modell zur Errechnung, durch Sequenzierung, nicht abgedeckter Basenpaare.
P[nicht abgedecktes Bp] = e-c
Beispiele:
c=10 → 1 Gap in 22000 Bp
c=22 → 1 Gap in 3,6*109 Bp
(c meist bei 30)
