FASTA-Format: Difference between revisions
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Latest revision as of 15:59, 6 June 2019
Das FASTA-Format ist ein textbasiertes Format zur Darstellung und Speicherung von Nukleotidsequenzen einer DNA, z.B. nach einer RNASeq.
| Aufbau FASTA-Format | ||
|---|---|---|
| Kopfzeile | > OpuC | Bacillus subtilis | Probe xy | |
| Kommentar | ; Optionaler Kommentar | |
| Sequenz | MTEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLG KAAKKADRLAAEGLVSVKVSDDFTIAAMRPSYLSYEDLDMTFVENEYK ALVAELEKENEERRRLKDPNKPEHKIPQFASRKQLSDAILKEAEEKIKEE LKAQGKPEKIWDNIIPGKMNSFIADNSQLDSKLTLMGQFYVMDDKKTVE QVIAEKEKEFGGKIKIVEFICFEVGEGEVAAQLFDKAVQLLREKGLG | |
- Die Kopfzeile ist die Sequenz-ID und beginnt mit einem >, ohne Leerzeile startet der Text. Dabei handelt es sich um eine genaue Beschreibung der Sequenz, um diese von den anderen Sequenzen unterscheiden zu können.
- Die Kommentarzeilen sind optional, dabei kann es eine, oder mehrere Kommentarzeilen geben, eingeleitet werden diese durch ein ; (Semikolon).
- Nach den oben genannten Zeilen startet die Sequenz in 5' → 3' Richtung, entweder in Form von Nukleinbasen (AGCT), oder Aminosäuren-Codes. Lücken werden durch - dargestellt.
