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2019-06-06T13:05:42Z

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==TPM==
TPM steht für 'Transcripts per Million' und ist eine Normalisierungsmethode für Expressionsstärken von Genen einer Probe. 

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! Formel !! Parameter
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|<math> TPM = \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i}} \cdot \dfrac {1}{\sum_\text{n} \dfrac {c_\text{n}}{L_\text{n}}} \cdot 10^6 </math> || ci = Anzahl an ausrichtbaren reads für ein Transkript 'i' 
Li = Länge des Transkripts/Gens 'i' in bp 
N = Gesamtanzahl an ausrichtbaren reads in Millionen
|} 
Wenn 1 Millionen Transkripte sequenziert würden, wäre TPMi die Anzahl an Transkripten des Types 'i'. 
'''Beispiel:''' 
[[File:Beispiel Probe.png|Beispiel Probe]] 
*<math> TPM (A) = \frac{ 12}{600} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 402614 </math> 
*<math> TPM (B) = \frac{ 24}{1100} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 439216 </math> 
*<math> TPM (C) = \frac{ 11}{11400} \cdot \dfrac {1}{ \dfrac {12}{600} + \dfrac {24}{1100} + \dfrac {11}{1400}} \cdot 10^6 = 158170 </math> 
Nach der Normalisierung ist ein Vergleich der Genexpressionen möglich. Das Ergebnis gibt an, wie viele Transkripte der Gene entstehen würden, wenn 1 Millionen Transkripte sequenziert werden würden. So würde man z.B. für Gen B 429216 Transkripte erhalten und für Gen C 158170 Transkripte, somit wird Gen B stärker exprimiert, als Gen C.

TPM - Revision history

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