RPKM - Revision history

Vero: Created page with "==RPKM== RPKM steht für 'Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads' und ist eine Normalisierungsmethode für Expressionsstärken von Genen aus einer Probe.
2019-06-06T13:06:54Z

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==RPKM==
RPKM steht für 'Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads' und ist eine Normalisierungsmethode für Expressionsstärken von Genen aus einer Probe. <br>
{| class="wikitable"
|-
! Formel !! Parameter
|-
| <math> RPKM = \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i} \cdot N} </math> || c<sub>i</sub> = Anzahl an ausrichtbaren reads für ein Transkript 'i'<br>
L<sub>i</sub> = Länge des Transkripts/Gens 'i' in kbp <br>
N = Gesamtanzahl an ausrichtbaren reads in Millionen
|}

<math> \frac{ c_\text{i}}{L_\text{i}} </math> → Normalisierung der Genlänge <br>
<math> L_\text{i} \cdot N </math> → Normalisierung der Sequenziertiefe <br>
Je höher der RPKM-Wert ist, desto höher ist die Genexpression. <br>
RPKM-Werte können gut zum Vergleich der Genexpressionen innerhalb einer Probe genutzt werden, jedoch sind sie nicht dafür geeignet mehrere Experimente bzw. Proben miteinander zu vergleichen.

'''Beispiel:'''

[[File:Beispiel Probe.png|Beispiel Probe]] <br><br>
* <math> RPKM (A) = \frac{12}{0,6 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 3,33 \cdot 10^{-6} </math> <br>
* <math> RPKM (B) = \frac{24}{1,1 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 3,64 \cdot 10^{-6} </math> <br>
* <math> RPKM (C) = \frac{12}{1,4 kbp \cdot 6 \cdot 10^6} = 1,43 \cdot 10^{-6} </math> <br><br>

Durch die Normalisierung der Expressionsstärken können diese nun miteinander vergleichen werden.In diesem Beispiel wird Gen B am stärksten exprimiert und Gen C am schwächsten.