Glossar - Revision history

Skl: /* R */

2021-09-30T19:28:39Z

← Older revision		Revision as of 21:28, 30 September 2021
Line 51:		Line 51:
	[[RNAseq\|RNASeq]]: Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle durch NGS-Methoden. Dazu muss die mRNA durch Reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden.		[[RNAseq\|RNASeq]]: Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle durch NGS-Methoden. Dazu muss die mRNA durch Reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden.
	<br>		<br>
			[[9_Biomarker#Receiver Operation Characteristic (ROC)\|ROC]]: steht für Receiver Operating Characteristik. Es ist ein statistisches Verfahren, mit dem die Aussagekraft von Laborparametern optimiert und verglichen werden kann. Dabei wird durch die Bestimmung der Sensitivität und Spezifität der optimale Threshold bestimmt. Dies geschieht mittels der Grenzwertoptimierungskurve (ROC- Kurve). <br>
	[[6_Normalisierungen#RPKM\|RPKM]]: Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads		[[6_Normalisierungen#RPKM\|RPKM]]: Reads per kilobase of transcript per Million mapped reads

Skl: /* S */

2021-09-30T15:39:37Z

← Older revision		Revision as of 17:39, 30 September 2021
Line 54:		Line 54:

	== S ==		== S ==
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Scaffold]]<br>		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Scaffold]]: Einheit von Contiqs und Lücken (auch Supercontiqs genannt), die die Reihenfolge, Orientierung und Größe der Lücken zwischen den Contiqs definiert.<br>
	[[3_Alignments#Smith-Waterman_Algorithmus\|Smith-Waterman Algorithmus]] <br>		[[3_Alignments#Smith-Waterman_Algorithmus\|Smith-Waterman Algorithmus]] <br>
	[[5_Transkriptom_RNA_Seq_2#Sequenziertiefe\|Sequenziertiefe]]: gibt an, wie oft ein bestimmter Abschnitt eines Genoms sequenziert wurde und bestimmt damit die Empfindlichkeit und Genauigkeit einer Sequenzierung		[[5_Transkriptom_RNA_Seq_2#Sequenziertiefe\|Sequenziertiefe]]: gibt an, wie oft ein bestimmter Abschnitt eines Genoms sequenziert wurde und bestimmt damit die Empfindlichkeit und Genauigkeit einer Sequenzierung

Skl: /* S */

2021-09-30T13:25:34Z

← Older revision		Revision as of 15:25, 30 September 2021
Line 55:		Line 55:
	== S ==		== S ==
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Scaffold]]<br>		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Scaffold]]<br>
	[[3_Alignments#Smith-Waterman_Algorithmus\|Smith-Waterman Algorithmus]]		[[3_Alignments#Smith-Waterman_Algorithmus\|Smith-Waterman Algorithmus]] <br>
			[[5_Transkriptom_RNA_Seq_2#Sequenziertiefe\|Sequenziertiefe]]: gibt an, wie oft ein bestimmter Abschnitt eines Genoms sequenziert wurde und bestimmt damit die Empfindlichkeit und Genauigkeit einer Sequenzierung

	== T ==		== T ==

Skl at 12:35, 30 September 2021

2021-09-30T12:35:26Z

← Older revision		Revision as of 14:35, 30 September 2021
Line 1:		Line 1:
	== A ==		== A ==
	[[3_Alignments#Alignments\|Alignment]]<br>		[[3_Alignments#Alignments\|Alignment]]: optimales "aneinander Ausrichten" von Sequenzen <br>
	[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Algorithmus]]<br>		[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Algorithmus]]: Verarbeitungsvorschrift, die aus einer endlichen Folge von eindeutig ausführbaren Anweisungen besteht, mit der man eine Vielzahl gleichartiger Aufgaben lösen kann<br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Assembly]]: Bioinformatisches Verfahren, bei dem überlappende reads erst zu Contings und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt werden.		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Assembly]]: Bioinformatisches Verfahren, bei dem überlappende reads erst zu Contings und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt werden.

Line 14:		Line 14:

	== D ==		== D ==
	[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Dynamic programming]]		[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Dynamic programming]]: Zerlegung eines Problems in viele Unterprobleme, die nacheinander gelöst werden

	== E ==		== E ==
	== F ==		== F ==
	[[1_Datenbanken#FASTA\|FASTA-Format]]<br>		[[1_Datenbanken#FASTA\|FASTA-Format]]: Allgemeines Format der Sequenzdaten (Protein oder DNA) in Textform gespeichert, festgelegter Aufbau <br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#FASTQ\|FASTQ-Format]]: Textbasierte Methode zur Speicherung einer Sequenz (DNA/RNA). Dabei wird auch die Qualität der sequenzierten Base jeweils in einem ASCII Symbol vermerkt		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#FASTQ\|FASTQ-Format]]: Textbasierte Methode zur Speicherung einer Sequenz (DNA/RNA). Dabei wird auch die Qualität der sequenzierten Base jeweils in einem ASCII Symbol vermerkt

	== G ==		== G ==
	[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|gap penalty]]		[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|gap penalty]]: Bewertung von Lücken, die in einem Alignment eingefügt werden

	== H ==		== H ==

Skl: /* L */

2021-09-30T10:16:18Z

← Older revision		Revision as of 12:16, 30 September 2021
Line 32:		Line 32:
	== L ==		== L ==
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Lander-Waterman-Modell\|Lander-Waterman-Modell]]<br>		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Lander-Waterman-Modell\|Lander-Waterman-Modell]]<br>
	[[2.Transkriptom_RNA_Seq_1#Aufgabe_1:_Definitionen\|Library]]		[[2.Transkriptom_RNA_Seq_1#Aufgabe_1:_Definitionen\|Library]]: Pool von DNA-Fragmenten, der aus einer Probe generiert wurde

	== M ==		== M ==

Skl: /* F */

2021-09-28T14:27:07Z

← Older revision		Revision as of 16:27, 28 September 2021
Line 19:		Line 19:
	== F ==		== F ==
	[[1_Datenbanken#FASTA\|FASTA-Format]]<br>		[[1_Datenbanken#FASTA\|FASTA-Format]]<br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#FASTQ\|FASTQ-Format]]		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#FASTQ\|FASTQ-Format]]: Textbasierte Methode zur Speicherung einer Sequenz (DNA/RNA). Dabei wird auch die Qualität der sequenzierten Base jeweils in einem ASCII Symbol vermerkt

	== G ==		== G ==

Skl: /* N */

2021-09-28T14:24:49Z

← Older revision		Revision as of 16:24, 28 September 2021
Line 38:		Line 38:

	== N ==		== N ==
	[[2.Transkriptom_RNA_Seq_1#Aufgabe_1:_Definitionen\|NGS]] <br>		[[2.Transkriptom_RNA_Seq_1#Aufgabe_1:_Definitionen\|NGS]]: Next Generation Sequencing, Sammelbegriff für neuartige Sequenziermethoden, die einen höhere Durchsatz besitzen als die klassische Sangermethode. Dies ist möglich, da die Sequenzierungen parallel durchgeführt werden können <br>
	[[7_Multiples_Testen#t-Test\|Nullhypothese]]		[[7_Multiples_Testen#t-Test\|Nullhypothese]]

Skl: /* C */

2021-09-28T14:23:40Z

← Older revision		Revision as of 16:23, 28 September 2021
Line 10:		Line 10:

	== C ==		== C ==
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Contiq]]: Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken. <br>		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Contiq]]: Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken <br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung\|Coverage]]		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung\|Coverage]]: Die Anzahl der reads an einer beliebigen Stelle der Sequenz, die diese abdecken

	== D ==		== D ==

Skl: /* A */

2021-09-28T14:22:11Z

← Older revision		Revision as of 16:22, 28 September 2021
Line 2:		Line 2:
	[[3_Alignments#Alignments\|Alignment]]<br>		[[3_Alignments#Alignments\|Alignment]]<br>
	[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Algorithmus]]<br>		[[3.Smith-Waterman#Aufgabe_1:_Definitionen\|Algorithmus]]<br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Assembly]]		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Assembly]]: Bioinformatisches Verfahren, bei dem überlappende reads erst zu Contings und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt werden.

	== B ==		== B ==

Skl: /* C */

2021-09-28T14:20:52Z

← Older revision		Revision as of 16:20, 28 September 2021
Line 10:		Line 10:

	== C ==		== C ==
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Contiq]]:Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken. <br>		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Assemblierung_der_reads\|Contiq]]: Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken. <br>
	[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung\|Coverage]]		[[2_Transkriptom_RNA_Seq_1#Sequenzabdeckung\|Coverage]]