7 Multiples Testen - Revision history

Mka: /* Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur */

2021-01-31T13:42:09Z

Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur

← Older revision		Revision as of 15:42, 31 January 2021
Line 83:		Line 83:
	* Eine Alternative zu Bonferroni, die nicht so streng ist. <br>		* Eine Alternative zu Bonferroni, die nicht so streng ist. <br>
	* Es wird ein gewisser Prozentsatz bestimmt, der auch falsch akzeptiert wird. <br>		* Es wird ein gewisser Prozentsatz bestimmt, der auch falsch akzeptiert wird. <br>
	* Q als Bezeichnung für die False Discovery Rate (FDR).<br>		* Q als Bezeichnung für die False Discovery Rate (FDR).<br><br>
	<br>
	# Sortiere alle p-Werte aufsteigend. <br>		# Sortiere alle p-Werte aufsteigend. <br>
	# Weise jedem p-Wert einen Rang 'i' zu. <br>		# Weise jedem p-Wert einen Rang 'i' zu. <br>

Mka: /* Multiples Testen */

2021-01-31T13:38:14Z

Multiples Testen

← Older revision		Revision as of 15:38, 31 January 2021
Line 77:		Line 77:
	\|-		\|-
	\|}		\|}
	<br><br>		<br><br><br><br><br>
	<br>		<br><br><br><br><br><br><br>
	<br><br>		<br><br><br><br>
	<br>

	==Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur==		==Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur==
	* Eine Alternative zu Bonferroni, die nicht so streng ist. <br>		* Eine Alternative zu Bonferroni, die nicht so streng ist. <br>

Mka: /* Lösung 1: Bonferroni-Korrektur */

2021-01-31T13:36:05Z

Lösung 1: Bonferroni-Korrektur

← Older revision		Revision as of 15:36, 31 January 2021
Line 50:		Line 50:
	* Für jeden p-Wert wird ein neuer p-Wert berechnet.		* Für jeden p-Wert wird ein neuer p-Wert berechnet.
	* Bestimmter p-Wert wird mit Größe der Stichprobe multipliziert.		* Bestimmter p-Wert wird mit Größe der Stichprobe multipliziert.
	<math>P_i* = P_i \cdot n </math> <br>		<math>P_i* = P_i \cdot n </math> <br><br>

	'''Parameter:'''<br>		'''Parameter:'''<br>
Line 80:		Line 80:
	<br>		<br>
	<br><br>		<br><br>
	~~<br>~~
	~~<br><br>~~
	~~<br>~~
	<br>		<br>

Mka: /* Lösung 1: Bonferroni-Korrektur */

2021-01-31T13:35:08Z

Lösung 1: Bonferroni-Korrektur

← Older revision		Revision as of 15:35, 31 January 2021
Line 51:		Line 51:
	* Bestimmter p-Wert wird mit Größe der Stichprobe multipliziert.		* Bestimmter p-Wert wird mit Größe der Stichprobe multipliziert.
	<math>P_i* = P_i \cdot n </math> <br>		<math>P_i* = P_i \cdot n </math> <br>

	'''Parameter:'''<br>		'''Parameter:'''<br>
	* <math>P_i = </math> Bestimmter p-Wert für Gen 'i' <br>		* <math>P_i = </math> Bestimmter p-Wert für Gen 'i' <br>
	* <math>P_i* = </math> Korrigierter P-Wert für Gen 'i'<br>		* <math>P_i* = </math> Korrigierter P-Wert für Gen 'i'<br>
	* n = Größe der Stichprobe		* n = Größe der Stichprobe

	{\| class="wikitable" style="float:left; margin-right:1em"		{\| class="wikitable" style="float:left; margin-right:1em"
	\|-		\|-
Line 70:		Line 72:
	! Vorteile \|\| Nachteile		! Vorteile \|\| Nachteile
	\|-		\|-
	\| - Statistisch sehr sicher \|\| - ~~Statistisch sehr sicher, aber auch sehr~~ streng		\| - Statistisch sehr sicher \|\| - Sehr streng
	\|-		\|-
	\| \|\| - ~~Produzuert~~ viele falsch negative Ergebnisse		\| \|\| - Produziert viele falsch negative Ergebnisse
	\|-		\|-
	\|}		\|}
Line 82:		Line 84:
	<br>		<br>
	<br>		<br>


	==Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur==		==Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur==

Mka: /* P-Wert */

2021-01-31T13:33:03Z

P-Wert

← Older revision		Revision as of 15:33, 31 January 2021
Line 42:		Line 42:
	===P-Wert===		===P-Wert===
	Das geforderte Signifikanzniveau ist P≤0,05, nur dann werden die Ergebnisse als signifikant angesehen.<br>		Das geforderte Signifikanzniveau ist P≤0,05, nur dann werden die Ergebnisse als signifikant angesehen.<br>

	'''Problem:'''<br>		'''Problem:'''<br>
	In diesem Fall wurden 5000 Genexpressionen verglichen (n=5000). Statistisch gesehen werden ca. 250 Gene durch Zufall einen p-Wert von <math>\leq</math> 0,05 haben. → <math>\alpha</math>-Fehler (Fehler 1. Art)		In diesem Fall wurden 5000 Genexpressionen verglichen (n=5000). Statistisch gesehen werden ca. 250 Gene durch Zufall einen p-Wert von <math>\leq</math> 0,05 haben. → <math>\alpha</math>-Fehler (Fehler 1. Art)

Mka: /* Multiples Testen */

2021-01-31T13:32:45Z

Multiples Testen

← Older revision		Revision as of 15:32, 31 January 2021
Line 12:		Line 12:
	! Gen !! K1 !! K2 !! K3 !! T1 !! T2 !! T3 !! <math>\overline{X}</math> Kontrolle !! <math>\overline{X}</math> -NAT8L !! fold change !! p-Wert !! pi-Wert		! Gen !! K1 !! K2 !! K3 !! T1 !! T2 !! T3 !! <math>\overline{X}</math> Kontrolle !! <math>\overline{X}</math> -NAT8L !! fold change !! p-Wert !! pi-Wert
	\|-		\|-
	\| NAT8L \|\| 340 \|\| 348 \|\| 350 \|\| 2 \|\| 0 \|\| 4 \|\| ~~340~~ \|\| 2 \|\| 0,0058 \|\| 1~~,00~~ x <math>10^{-5}</math> \|\| 0,05		\| NAT8L \|\| 340 \|\| 348 \|\| 350 \|\| 2 \|\| 0 \|\| 4 \|\| 346 \|\| 2 \|\| 0,0058 \|\| 1 x <math>10^{-5}</math> \|\| 0,05
	\|-		\|-
	\| LDH \|\| 57 \|\| 68 \|\| 34 \|\| 112 \|\| 128 \|\| 105 \|\| ~~59,7~~ \|\| 115 \|\| 1,93 \|\| 0,0043 \|\| 21,5		\| LDH \|\| 57 \|\| 68 \|\| 34 \|\| 112 \|\| 128 \|\| 105 \|\| 53 \|\| 115 \|\| 2,17 \|\| 0,0043 \|\| 21,5
	\|-		\|-
	\| IDH \|\| 215 \|\| 110 \|\| 55 \|\| 158 \|\| 357 \|\| 415 \|\| 126,7 \|\| 310 \|\| 2,44 \|\| 0,129 \|\| 645		\| IDH \|\| 215 \|\| 110 \|\| 55 \|\| 158 \|\| 357 \|\| 415 \|\| 126,7 \|\| 310 \|\| 2,44 \|\| 0,129 \|\| 645
Line 22:		Line 22:
	\|}		\|}
	== t-Test==		== t-Test==
	Der t-Test wird verwendet, um zu bestimmen, ob die Mittelwerte zweier Stichproben sich signifikant voneinander unterscheiden. Dafür wird die Nullhypothese H0 getestet, sie sagt aus, dass Stichprobe und Kontrolle sich nicht signifikant unterscheiden. In diesem Fall also <math>H_0: \overline{X} Kontrolle = \overline{X}-NAT8L </math> <br>		Der t-Test wird verwendet, um zu bestimmen, ob die Mittelwerte zweier Stichproben sich signifikant voneinander unterscheiden. Dafür wird die Nullhypothese H0 getestet, sie sagt aus, dass Stichprobe und Kontrolle sich nicht signifikant unterscheiden. In diesem Fall also<br>

			<math>H_0: \overline{X} Kontrolle = \overline{X}-NAT8L </math> <br>

	Die Gegenhypothese H1 sagt aus, dass sich die Ergebnisse signifikant unterscheiden, also <br>		Die Gegenhypothese H1 sagt aus, dass sich die Ergebnisse signifikant unterscheiden, also <br>

	<math>H_1: \overline{X} Kontrolle \ne \overline{X}-NAT8L </math> <br>		<math>H_1: \overline{X} Kontrolle \ne \overline{X}-NAT8L </math> <br>

	Mit Hilfe des t-Tests wird bestimmt, ob die Nullhypothese zutrifft, oder ob sie verworfen wird und die Gegenhypothese angenommen wird. Die Formel zur Berechnung der t-Werte entspricht: <br>		Mit Hilfe des t-Tests wird bestimmt, ob die Nullhypothese zutrifft, oder ob sie verworfen wird und die Gegenhypothese angenommen wird. Die Formel zur Berechnung der t-Werte entspricht: <br>

	<math> t = \frac{\overline{X}_{1} - \overline{X}_{2} }{s_{x} \cdot \surd \frac{1}{n_{1}} + \frac{1}{n_{2}}} </math> <br>		<math> t = \frac{\overline{X}_{1} - \overline{X}_{2} }{s_{x} \cdot \surd \frac{1}{n_{1}} + \frac{1}{n_{2}}} </math> <br>

Line 37:		Line 41:
	Nach der Berechnung der t- Werte, Standardabweichung und den Freiheitsgraden werden die t-Werte in die t-Verteilung eingesetzt. Daraus kann mit Hilfe des p-Werts beurteilt werden, ob die Nullhypotese angenommen, oder verworfen wird.<br>		Nach der Berechnung der t- Werte, Standardabweichung und den Freiheitsgraden werden die t-Werte in die t-Verteilung eingesetzt. Daraus kann mit Hilfe des p-Werts beurteilt werden, ob die Nullhypotese angenommen, oder verworfen wird.<br>
	===P-Wert===		===P-Wert===
	~~Der p-Wert~~		Das geforderte Signifikanzniveau ist P≤0,05, nur dann werden die Ergebnisse als signifikant angesehen.<br>

	'''Problem:'''<br>		'''Problem:'''<br>
	In diesem Fall wurden 5000 Genexpressionen verglichen (n=5000). Statistisch gesehen werden ca. 250 Gene durch Zufall einen p-Wert von <math>\leq</math> 0,05 haben. → <math>\alpha</math>-Fehler (Fehler 1. Art)		In diesem Fall wurden 5000 Genexpressionen verglichen (n=5000). Statistisch gesehen werden ca. 250 Gene durch Zufall einen p-Wert von <math>\leq</math> 0,05 haben. → <math>\alpha</math>-Fehler (Fehler 1. Art)

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2020-10-04T09:55:28Z

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Revision as of 11:55, 4 October 2020

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2020-10-04T09:54:28Z

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Revision as of 11:54, 4 October 2020

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2020-10-03T21:36:06Z

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Revision as of 23:36, 3 October 2020

Vero: /* Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur */

2019-07-02T07:12:31Z

Lösung 2: Benjamini-Hochberg-Prozedur

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Line 115:		Line 115:
	\| IDH \|\| 0,129 \|\| 6 \|\| 6 x <math>10^{-5}</math> \|\| falsch \|\| nein		\| IDH \|\| 0,129 \|\| 6 \|\| 6 x <math>10^{-5}</math> \|\| falsch \|\| nein
	\|-		\|-
	\| ...~~2994~~ weitere Gene \|\| ... \|\| ... \|\| ... \|\|... \|\| ...		\| ...4994 weitere Gene \|\| ... \|\| ... \|\| ... \|\|... \|\| ...
	\|-		\|-
	\|}		\|}