2.Transkriptom RNA Seq 1 - Revision history

Skl at 13:13, 23 September 2021

2021-09-23T13:13:43Z

Skl: /* Aufgabe 1: Definitionen */

2021-09-23T12:53:45Z

Aufgabe 1: Definitionen

← Older revision		Revision as of 14:53, 23 September 2021
Line 1:		Line 1:
	== Aufgabe 1: Definitionen ==		== Aufgabe 1: Definitionen ==
			''' RNASeq''': Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle durch NGS-Methoden. Dazu muss die mRNA durch Reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben werden.

	'''Reads''': ~~Sequenzierte cDNA~~-Fragmente~~, die assembliert~~ werden ~~müssen (also dem Referenzgenom zugeordnet)~~.		'''Reads''': Aus der RNA-Seq. erhaltene Fragmente sequenzierter RNA. Diese können anschließend einem Refernezgenom zugeordnet werden.

	'''~~Assembly~~''': ~~Bioinformatisches Verfahren~~, ~~bei dem~~ die reads ~~angeglichen (alignt) und verbunden werden~~. ~~Dies kann entweder mit Referenzgenom oder ohne (''de novo'') geschehen. Hierbei werden überlappende reads zu Contiqs und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt~~.		'''Contiq''': Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz, die aus überlappenden reads gebildet wird. Zwischen ihnen befinden sich noch Lücken.

	'''~~Contiq~~''': ~~Zusammenhängender Abschnitt einer genomischen Sequenz~~, die ~~aus überlappenden~~ reads ~~gebildet wird~~.		'''Scaffold''': Einheit von mehreren Contiqs und Lücken (auch Supercontiqs genannt), die die Reihenfolge, Orientierung und Größe der Lücken zwischen den Contiqs definiert.

			'''Assembly''': Bioinformatisches Verfahren, bei dem überlappende reads erst zu Contings und anschließend zu Scaffolds zusammengesetzt werden.

	[[File:PET contig scaffold.png\|thumb\|reads, contigs und Scaffold]]		[[File:PET contig scaffold.png\|thumb\|reads, contigs und Scaffold]]
Line 22:		Line 25:

	'''NGS''': '''N'''ext '''G'''eneration '''S'''equencing, Sammelbegriff für neuartige Sequenziermethoden, die einen höhere Durchsatz besitzen als die klassische Sangermethode. Dies ist möglich, da die Sequenzierungen parallel durchgeführt werden können.		'''NGS''': '''N'''ext '''G'''eneration '''S'''equencing, Sammelbegriff für neuartige Sequenziermethoden, die einen höhere Durchsatz besitzen als die klassische Sangermethode. Dies ist möglich, da die Sequenzierungen parallel durchgeführt werden können.

	~~'''Scaffold''': Einheit von mehreren Contiqs und Lücken (auch Supercontiqs genannt), die die Reihenfolge, Orientierung und Größe der Lücken zwischen den Contiqs definiert.~~

	~~''' RNASeq''': Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle (meist mit NGS Methoden). Dabei wird die RNA zunächst durch reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben.~~

	== Aufgabe 2: RNASeq vs. Microarray ==		== Aufgabe 2: RNASeq vs. Microarray ==

Mka: /* d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? */

2021-01-31T16:19:59Z

d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet?

← Older revision		Revision as of 18:19, 31 January 2021
Line 179:		Line 179:

	===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====		===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====
	~~Ein Alignment ist eine Methode zum Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid-~~, ~~oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.<br>~~		Das optimale „Aneinander ausrichten“ von Sequenzen, sodass z.B. reads aus einer
	~~Alignments werden~~ z.B. ~~dazu verwendet~~ reads ~~aneinander auszurichten, um ähnliche/identische Abschnitte zu finden, sodass diese zu Contiqs zusammengefügt~~ werden können~~.<br>~~		Sequenzierung an ein Referenzgenom ausgerichtet werden können

	~~allgemeine~~ Anwendung: Sequenzvergleiche, phylogenetische Untersuchungen		Allgemeine Anwendung: Sequenzvergleiche, phylogenetische Untersuchungen

Mka: /* c. Beschreibe den Ablauf eines Assemblys. Welche Probleme können auftreten? */

2021-01-31T16:18:15Z

c. Beschreibe den Ablauf eines Assemblys. Welche Probleme können auftreten?

← Older revision		Revision as of 18:18, 31 January 2021
Line 172:		Line 172:
	<br>		<br>
	<br>		<br>
	~~Die Menge der~~ reads~~, die in einen Zusammenhang gebracht werden müssen, können dabei ein~~		'''Probleme:'''
	~~Problem darstellen.<br>~~		*Geringe Abdeckung durch reads
	~~Genauso Mutationen (Insertionen, Deletionen) in~~ der ~~Basenabfolge, sowie~~		*Sequenzlänge der reads ist zu kurz
	~~technische Fehler bei~~ der~~<br>~~		*Fehlende durchgängige Orientierung der Contiqs
	~~Sequenzierung (schlechtes Qualitätslevel der Basen) bzw. beim verwendeten Algorithmus.~~		*Schlechte read-Qualität, fehlerhafte read Paare

	===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====		===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====

Mka: /* b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? */

2021-01-31T16:13:06Z

b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es?

← Older revision		Revision as of 18:13, 31 January 2021
Line 161:		Line 161:
	===== b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? =====		===== b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? =====
	De-novo assembly wird genutzt um ohne Template die reads zu verknüpfen. Das Genom ist dabei meist noch unbekannt und deswegen kann es kein Referenzgenom geben, das als Template dienen kann.		De-novo assembly wird genutzt um ohne Template die reads zu verknüpfen. Das Genom ist dabei meist noch unbekannt und deswegen kann es kein Referenzgenom geben, das als Template dienen kann.
	Dabei werden paired-end (short insert reads) und mate-pair reads (long-insert reads) kombiniert. Die Assemblierung läuft über Graphen (z.B. de Bruijn-Graph/ Eulersche Pfade)		Dabei werden paired-end (short insert reads) und mate-pair reads (long-insert reads) kombiniert. Die Assemblierung läuft über Graphen (z.B. de Bruijn-Graph/ Eulersche Pfade).

	Mapping assembly wird genutzt wenn man eine existierende Sequenz (Referenzgenom) hat, an		Mapping assembly wird genutzt wenn man eine existierende Sequenz (Referenzgenom) hat, an

Mka: /* b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? */

2021-01-31T16:12:52Z

b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es?

← Older revision		Revision as of 18:12, 31 January 2021
Line 161:		Line 161:
	===== b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? =====		===== b. Welche grundsätzlichen Assemblierungsmethoden gibt es? =====
	De-novo assembly wird genutzt um ohne Template die reads zu verknüpfen. Das Genom ist dabei meist noch unbekannt und deswegen kann es kein Referenzgenom geben, das als Template dienen kann.		De-novo assembly wird genutzt um ohne Template die reads zu verknüpfen. Das Genom ist dabei meist noch unbekannt und deswegen kann es kein Referenzgenom geben, das als Template dienen kann.
	Dabei werden paired-end (short insert reads) und mate-pair reads (long-insert reads) kombiniert.		Dabei werden paired-end (short insert reads) und mate-pair reads (long-insert reads) kombiniert. Die Assemblierung läuft über Graphen (z.B. de Bruijn-Graph/ Eulersche Pfade)

	Mapping assembly wird genutzt wenn man eine existierende Sequenz (Referenzgenom) hat, an		Mapping assembly wird genutzt wenn man eine existierende Sequenz (Referenzgenom) hat, an

Mka: /* Aufgabe 3: Illumina Sequenzierung */

2021-01-31T16:11:07Z

Aufgabe 3: Illumina Sequenzierung

← Older revision		Revision as of 18:11, 31 January 2021
Line 93:		Line 93:
	===== a. Die Anwendung von NGS hat in den letzten Jahren stark zugenommen, Welche möglichen Einsatzgebiete gibt es? =====		===== a. Die Anwendung von NGS hat in den letzten Jahren stark zugenommen, Welche möglichen Einsatzgebiete gibt es? =====

	~~NGS kann für Zwecke wie RNA Sequenzierung (RNAseq, Exome sequencing) und DNA Sequenzierung (Whole genome equencing, methylation sequencing, Protein-DNA Interaktionssequenzierung) verwendet werden.~~		*RNA Seq - Transcriptimics
	RNA Seq - Transcriptimics		*DNA Seq - Genomics
	DNA Seq - Genomics

	===== b. Welche Generationen der Sequenzierung werden unterschieden? =====		===== b. Welche Generationen der Sequenzierung werden unterschieden? =====
Line 123:		Line 122:
	\|+ style="padding-bottom:1em"\| DNA & RNA mit Illumina		\|+ style="padding-bottom:1em"\| DNA & RNA mit Illumina
	\|- class="hintergrundfarbe6"		\|- class="hintergrundfarbe6"
	! ~~style="width:20%"\|~~ Generationen !! ~~style="width:30%"\| Unterschiede~~		! Generationen !! Genom-Sequenzierung!!RNA-Sequenzierung
	\|-		\|-
	\| Omic's Bereich \|\| Genomic \|\| Transcriptomic		\| Omic's Bereich \|\| Genomic \|\| Transcriptomic

Mka: /* a. Vergleich von Microarray und RNASeq */

2021-01-31T16:04:06Z

a. Vergleich von Microarray und RNASeq

← Older revision		Revision as of 18:04, 31 January 2021
Line 35:		Line 35:
	! style="width:20%"\| Eigenschaft !! style="width:30%"\| Microarray !! style="width:30%"\| RNASeq		! style="width:20%"\| Eigenschaft !! style="width:30%"\| Microarray !! style="width:30%"\| RNASeq
	\|-		\|-
	\| Kosten \|\|colspan="3" style="text-align:center"\| in etwa gleich (Microarrays sind unter Umständen etwas billiger)		\| Kosten \|\|colspan="2" style="text-align:center"\| in etwa gleich (Microarrays sind unter Umständen etwas billiger)
	\|-		\|-
	\| Methode \|\|colspan="3" style="text-align:center"\| 1. Transcriptomics		\| rowspan="3"\| Methode \|\|colspan="2" style="text-align:center"\| Transcriptomics
	2. Analyse von RNA <br>		<tr> <td colspan="2" style="text-align:center"> Analyse von RNA </td colspan="2">
			<tr> <td colspan="2" style="text-align:center"> Vorgang bis zur Herstellung der cDNA gleich </td>
	3. Vorgang bis zur Herstellung der cDNA gleich
	\|-		\|-
	\| Prinzip \|\| Hybridisierung \|\| Hochdurchsatz Sequenzierung		\| Prinzip \|\| Hybridisierung \|\| Hochdurchsatz Sequenzierung

Mka: /* Aufgabe 1: Definitionen */

2021-01-31T16:01:43Z

Aufgabe 1: Definitionen

← Older revision		Revision as of 18:01, 31 January 2021
Line 9:		Line 9:
	[[File:PET contig scaffold.png\|thumb\|reads, contigs und Scaffold]]		[[File:PET contig scaffold.png\|thumb\|reads, contigs und Scaffold]]

	'''Coverage'''~~: Summe an reads, die ein bestimmtes Nukleotid in der Sequenz beinhalten. Oder anders ausgedrückt~~: Die Anzahl der reads an einer beliebigen Stelle der Sequenz, die diese abdecken. Für einen ~~Sequenzabschnit~~ wird es über folgende Formel berechnet:		'''Coverage''': Die Anzahl der reads an einer beliebigen Stelle der Sequenz, die diese abdecken. Für einen Sequenzabschnitt wird es über folgende Formel berechnet:

	<math> C= \frac{N*L}{G} </math>		<math> C= \frac{N*L}{G} </math>
Line 19:		Line 19:
	G - die Länge des Referenzgenoms		G - die Länge des Referenzgenoms

	'''~~library~~''': Pool von DNA-Fragmenten, der aus einer Probe generiert wurde		'''Library''': Pool von DNA-Fragmenten, der aus einer Probe generiert wurde

	'''NGS''': '''N'''ext '''G'''eneration '''S'''equencing, Sammelbegriff für neuartige Sequenziermethoden, die einen höhere Durchsatz besitzen als die klassische Sangermethode. Dies ist möglich, da die Sequenzierungen parallel durchgeführt werden können.		'''NGS''': '''N'''ext '''G'''eneration '''S'''equencing, Sammelbegriff für neuartige Sequenziermethoden, die einen höhere Durchsatz besitzen als die klassische Sangermethode. Dies ist möglich, da die Sequenzierungen parallel durchgeführt werden können.

	'''Scaffold''': Einheit von mehreren ~~Contigs~~, ~~bei denen~~ die ~~Entfernung (Länge in Basenpaaren) zwischen den Contiqs bekannt ist. Die Sequenz~~ zwischen den Contiqs ~~kann dabei unbekannt sein~~.		'''Scaffold''': Einheit von mehreren Contiqs und Lücken (auch Supercontiqs genannt), die die Reihenfolge, Orientierung und Größe der Lücken zwischen den Contiqs definiert.

	''' RNASeq''': Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle (meist mit NGS Methoden). Dabei wird die RNA zunächst durch reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben.		''' RNASeq''': Sequenzierung des gesamten Transkriptoms einer Zelle (meist mit NGS Methoden). Dabei wird die RNA zunächst durch reverse Transkriptase in cDNA umgeschrieben.

Pge: /* Aufgabe 4 */

2020-10-03T18:20:31Z

Aufgabe 4

← Older revision		Revision as of 20:20, 3 October 2020
Line 182:		Line 182:
	===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====		===== d. Was ist ein Alignment und wofür wird es verwendet? =====
	Ein Alignment ist eine Methode zum Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid-, oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.<br>		Ein Alignment ist eine Methode zum Vergleich zweier oder mehrerer Nukleotid-, oder Aminosäuresequenzen in linearer Abfolge.<br>
	Alignments werden z.B. dazu verwendet reads aneinander auszurichten, um ähnliche/identische Abschnitte zu finden, sodass diese zu ~~contiqs~~ zusammengefügt werden können.<br>		Alignments werden z.B. dazu verwendet reads aneinander auszurichten, um ähnliche/identische Abschnitte zu finden, sodass diese zu Contiqs zusammengefügt werden können.<br>

	~~Anwendungen allgemein~~: Sequenzvergleiche, phylogenetische Untersuchungen		allgemeine Anwendung: Sequenzvergleiche, phylogenetische Untersuchungen