11 BLAST II - Revision history

Julbeier: Math Fix

2024-06-11T14:00:18Z

Math Fix

← Older revision		Revision as of 16:00, 11 June 2024
Line 21:		Line 21:
	* Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält		* Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält

	Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Suchraum der Größe <math>2^{20}</math> durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (<math>2^{20}</math> = 1.048.576)		Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Suchraum der Größe <math>2^{20}</math> durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (<math>2^{20}</math> = 1.048.576)

	<center><math> S' = \frac{\lambda S-ln(k)}{ln(2)}</math></center>		<center><math> S' = \frac{\lambda S-ln(k)}{ln(2)}</math></center>
Line 48:		Line 48:
	'''E-Value (Expect):''' P-Value korrigiert für Suchraum der Größe N		'''E-Value (Expect):''' P-Value korrigiert für Suchraum der Größe N

	<math>		<math>
	E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}		E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}
	</math>		</math>

	<math>		<math>
	E = \frac{ 1.250.000}{1.048.576} = 1,19		E = \frac{ 1.250.000}{1.048.576} = 1,19
	</math>		</math>

	'''Anhaltspunkt:''' E-Value von <math> 10^{-5} </math> bedeutet, dass ein Alignment mit Bitscore x in der Datenbank mit einer Wahrscheinlichkeit von <math> 10^{-5} </math> durch Zufall gefunden würde.		'''Anhaltspunkt:''' E-Value von <math> 10^{-5} </math> bedeutet, dass ein Alignment mit Bitscore x in der Datenbank mit einer Wahrscheinlichkeit von <math> 10^{-5} </math> durch Zufall gefunden würde.

Mka: /* P-Value */

2021-01-31T15:48:03Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 17:48, 31 January 2021
Line 37:		Line 37:

	== P-Value ==		== P-Value ==
	'''P-Value: Wahrscheinlichkeit, dass ein Ergebnis durch Zufall eintritt~~'''~~		'''P-Value:''' Wahrscheinlichkeit, dass ein Ergebnis durch Zufall eintritt
	~~S'=Bitscore~~
	~~<math>~~
	~~P = {2^{-S'}}~~
	~~</math>~~

	~~Bitscore = 20~~		<math>P = {2^{-S'}}</math>
	<math>		Beispiel:
	P = ~~\frac~~{ 1}~~{1.048.576~~}
	</math>

			Bitscore = 20
			<center><math> P = \frac{ 1}{2^{20}}=\frac{ 1}{1.048.576} </math></center>

	~~'''E-Value (Expect): P-Value korrigiert für Suchraum der Größe N'''~~

			'''E-Value (Expect):''' P-Value korrigiert für Suchraum der Größe N

	<math>		<math>

Mka: /* Bewertung von BLAST Ergebnissen */

2021-01-31T15:38:04Z

Bewertung von BLAST Ergebnissen

← Older revision		Revision as of 17:38, 31 January 2021
Line 23:		Line 23:
	Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Suchraum der Größe <math>2^{20}</math> durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (<math>2^{20}</math> = 1.048.576)		Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Suchraum der Größe <math>2^{20}</math> durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (<math>2^{20}</math> = 1.048.576)

	~~[[File:BLAST3.jpeg\|150px\|~~center~~\|frameless]]~~		<center><math> S' = \frac{\lambda S-ln(k)}{ln(2)}</math></center>

	λ und k sind Karlin-Altschul-Parameter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.		λ und k sind Karlin-Altschul-Parameter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.

Mka: /* Bewertung von BLAST Ergebnissen */

2021-01-31T15:26:35Z

Bewertung von BLAST Ergebnissen

← Older revision		Revision as of 17:26, 31 January 2021
Line 16:		Line 16:
	'''Score hängt von der Sequenzlänge, Substitutionsmatrix und 'gap penalty' ab und kann daher nicht direkt verglichen werden'''		'''Score hängt von der Sequenzlänge, Substitutionsmatrix und 'gap penalty' ab und kann daher nicht direkt verglichen werden'''

	* Lösung: '''Bit score'''
			Lösung: '''Bit score'''
	* log_2 skalierte Version des normalisierten Scores		* log_2 skalierte Version des normalisierten Scores
	* Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält		* Beschreibt die Größe des Such-Raumes, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Score enthält

	Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein ~~Such-Raum~~ der Größe 2^20 durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (2^20 = 1.048.576)		Ein Bit score von 20 würde bedeuten, dass ein Suchraum der Größe <math>2^{20}</math> durchsucht werden müsste, um den Score zufällig zu finden. (<math>2^{20}</math> = 1.048.576)

	[File:BLAST3.jpeg\|~~200px~~\|center\|~~thumb~~]]~~<br />~~		[[File:BLAST3.jpeg\|150px\|center\|frameless]]
	~~λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.~~

			λ und k sind Karlin-Altschul-Parameter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.
			Der Suchraum ist definiert als:
	N = n * m		N = n * m

	n = Länge der ’query’ Sequenz ~~und~~ m = Länge der Datenbank		'''Parameter'''<br>
			n = Länge der ’query’ Sequenz <br>
			m = Länge der Datenbank

	Bsp: n=125 m=10.000 N=1.250.000		Bsp: n=125 m=10.000 N=1.250.000
	In diesem Fall würde ein Bit Score von 20 auch durch Zufall gefunden werden		In diesem Fall würde ein Bit Score von 20 auch durch Zufall gefunden werden


	== P-Value ==		== P-Value ==

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:16:41Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 02:16, 5 October 2020
Line 58:		Line 58:
	</math>		</math>

	'''Anhaltspunkt: E-Value von <math> 10^{-5} </math> bedeutet, dass ein Alignment mit Bitscore x in der Datenbank mit einer Wahrscheinlichkeit von <math> 10^{-5} </math> durch Zufall gefunden würde.		'''Anhaltspunkt:''' E-Value von <math> 10^{-5} </math> bedeutet, dass ein Alignment mit Bitscore x in der Datenbank mit einer Wahrscheinlichkeit von <math> 10^{-5} </math> durch Zufall gefunden würde.

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:16:23Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 02:16, 5 October 2020
Line 53:		Line 53:
	E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}		E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}
	</math>		</math>

			<math>
			E = \frac{ 1.250.000}{1.048.576} = 1,19
			</math>

			'''Anhaltspunkt: E-Value von <math> 10^{-5} </math> bedeutet, dass ein Alignment mit Bitscore x in der Datenbank mit einer Wahrscheinlichkeit von <math> 10^{-5} </math> durch Zufall gefunden würde.

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:12:55Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 02:12, 5 October 2020
Line 51:		Line 51:

	<math>		<math>
	E = \frac{ N}{2^{S'}}		E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}
	</math>		</math>

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:12:15Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 02:12, 5 October 2020
Line 51:		Line 51:

	<math>		<math>
	E = \frac{ N}{2^S'}		E = \frac{ N}{2^{S'}}
	</math>		</math>

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:10:59Z

P-Value

@@ Line 44: / Line 44: @@
   <math>
   P = \frac{ 1}{1.048.576}
   </math>

Pge: /* P-Value */

2020-10-05T00:08:22Z

P-Value

← Older revision		Revision as of 02:08, 5 October 2020
Line 43:		Line 43:
	Bitscore = 20		Bitscore = 20
	<math>		<math>
	P = \frac{ 5}{~~7 kb \cdot 18~~}		P = \frac{ 1}{1.048.576}
	</math>		</math>