11.BLAST II - Revision history

Mka: /* Durchführung */

2021-01-31T19:11:37Z

Durchführung

← Older revision		Revision as of 21:11, 31 January 2021
Line 31:		Line 31:

	== Durchführung ==		== Durchführung ==
			Datensatz vom 06/2020

	Du erhältst folgende Sequenz:		Du erhältst folgende Sequenz:

Mka: /* Durchführung */

2021-01-31T19:09:37Z

Durchführung

← Older revision		Revision as of 21:09, 31 January 2021
Line 44:		Line 44:
	'''b''': Wie hoch sind der e-value und der bit-score? Was bedeutet dieser e-value? Wie groß wäre der hier benötigte Suchraum um einen zufälligen Treffer mit diesem score zu finden?		'''b''': Wie hoch sind der e-value und der bit-score? Was bedeutet dieser e-value? Wie groß wäre der hier benötigte Suchraum um einen zufälligen Treffer mit diesem score zu finden?

			*e-value geht gegen 0 → Wahrscheinlichkeit, dass das Ergebnis durch Zufall gefunden wurde. Da der Wert so klein ist, ist die Irrtumswahrscheinlichkeit minimal.
	e-value geht gegen 0		*bit-Score=852
	*Wahrscheinlichkeit, dass das Ergebnis durch Zufall gefunden wurde. Da der Wert so klein ist, ist die Irrtumswahrscheinlichkeit minimal.		Suchraum= N = 2^{852} =3.003 10^{256}

	bit-Score=852
	Suchraum= N = 2^852 =3.003 * 10^256

Mka: /* Datenanalyse */

2021-01-31T19:02:59Z

Datenanalyse

← Older revision		Revision as of 21:02, 31 January 2021
Line 11:		Line 11:
	*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores		*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores
	*Durch folgende Formel berechnet:		*Durch folgende Formel berechnet:
	~~[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|~~center~~\|thumb]]~~<br />		<center><math> S' = \frac{\lambda S-ln(k)}{ln(2)}</math></center>
	λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.		λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.

Line 25:		Line 25:

	*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.		*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.
	~~[[File:BLAST4.jpeg\|300px\|~~center~~\|thumb]]~~<br />		<center><math>P = {2^{-S'}} E = \frac{ N}{2^{S'}} = \frac{ m*n}{2^{S'}}
			</math></center>

	*An verschiedenen Zeitpunkten berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen Zetipunkten unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit für einen Zufallstreffer ist umso höher, je größer die Datenbank war, in der der e-Value bestimmt wurde.		*An verschiedenen Zeitpunkten berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen Zetipunkten unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit für einen Zufallstreffer ist umso höher, je größer die Datenbank war, in der der e-Value bestimmt wurde.

Pge at 23:53, 4 October 2020

2020-10-04T23:53:51Z

← Older revision		Revision as of 01:53, 5 October 2020
Line 19:		Line 19:
	N = n * m		N = n * m

	n=Länge der ’query’ Sequenz und m=Länge der Datenbank		n = Länge der ’query’ Sequenz und m = Länge der Datenbank
	*Der Bit-Score beschreibt die Größe des Suchraums, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Bit- Score enthält.		*Der Bit-Score beschreibt die Größe des Suchraums, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Bit- Score enthält.

Pge: /* Datenanalyse */

2020-10-04T18:40:15Z

Datenanalyse

← Older revision		Revision as of 20:40, 4 October 2020
Line 26:		Line 26:
	*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.		*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.
	[[File:BLAST4.jpeg\|300px\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLAST4.jpeg\|300px\|center\|thumb]]<br />
	*An verschiedenen ~~Tagen~~ berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen ~~Tagen~~ unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit~~, dass ein Treffer durch Zufall gefunden wurde,~~ ist umso höher, je größer die Datenbank war, ~~mit~~ der der e-Value bestimmt wurde.		*An verschiedenen Zeitpunkten berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen Zetipunkten unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit für einen Zufallstreffer ist umso höher, je größer die Datenbank war, in der der e-Value bestimmt wurde.

	== Durchführung ==		== Durchführung ==

Pge: /* Durchführung */

2020-10-04T18:37:49Z

Durchführung

← Older revision		Revision as of 20:37, 4 October 2020
Line 47:		Line 47:

	bit-Score=852		bit-Score=852
	Suchraum= N = 2 852 =3,003*10 256		Suchraum= N = 2^852 =3.003 * 10^256


	'''c''': Welche Parameter sind außerdem signifikant?		'''c''': Welche Parameter sind außerdem signifikant?
	Die Abdeckung: Anteil der Aminosäuren der ’query’ Sequenz, die beim Vergleich abgedeckt wurden Identität: Anteil der verglichenen Aminosäuren, die tatsächlich identisch sind
			*Die Abdeckung: Anteil der Aminosäuren der ’query’ Sequenz, die beim Vergleich abgedeckt wurden

			*Identität: Anteil der verglichenen Aminosäuren, die tatsächlich identisch sind


Line 58:		Line 61:
	'''d''': Wie unterscheiden sich die Parameter?		'''d''': Wie unterscheiden sich die Parameter?

	*Niedrigerer Score ~~und höherer~~ e-value ~~bei BLOSUM 45~~ (untere Tabelle)		*BLOSUM 45: Niedrigerer Score, Höherer e-value (untere Tabelle)
	*~~Insgesamt weniger Ergebnisse, höherer~~ Score und niedrigerer e-value bei BLOSUM 80 (obere Tabelle)		*BLOSUM 80: Höherer Score und niedrigerer e-value bei BLOSUM 80; insgesamt weniger Ergebnisse (obere Tabelle)

	Die Erstellung von BLOSUM X basiert auf dem Sequenzvergleich von solchen Sequenzen, die zu mind. X% verwandt sind. Bei BLOSUM80 wurden also näherverwandte Sequenzen verglichen als bei BLOSUM45, weswegen höhere Scores in der Diagonalen vorhanden sind.		Die Erstellung von BLOSUM X basiert auf dem Sequenzvergleich von solchen Sequenzen, die zu mind. X% verwandt sind. Bei BLOSUM80 wurden also näherverwandte Sequenzen verglichen als bei BLOSUM45, weswegen höhere Scores in der Diagonalen vorhanden sind.

	[[File:BLAST2.jpeg\|600px\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLAST2.jpeg\|600px\|center\|thumb]]<br />

Pge at 18:33, 4 October 2020

2020-10-04T18:33:52Z

← Older revision		Revision as of 20:33, 4 October 2020
Line 10:		Line 10:

	*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores		*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores
			*Durch folgende Formel berechnet:

	[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|center\|thumb]]<br />
	λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.		λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.

Pge at 18:32, 4 October 2020

2020-10-04T18:32:33Z

← Older revision		Revision as of 20:32, 4 October 2020
Line 21:		Line 21:

	n=Länge der ’query’ Sequenz und m=Länge der Datenbank		n=Länge der ’query’ Sequenz und m=Länge der Datenbank
			*Der Bit-Score beschreibt die Größe des Suchraums, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Bit- Score enthält.

	Der Bit-Score beschreibt die Größe des Suchraums, der zufällig einen Treffer mit gleichem oder besseren Bit- Score enthält.

	'''d''': Was gibt der e-value an und wie wird er berechnet? Sind e-values, die an verschiedenen Tagen errechnet wurden, vergleichbar?		'''d''': Was gibt der e-value an und wie wird er berechnet? Sind e-values, die an verschiedenen Tagen errechnet wurden, vergleichbar?

Pge at 18:31, 4 October 2020

2020-10-04T18:31:54Z

← Older revision		Revision as of 20:31, 4 October 2020
Line 10:		Line 10:

	*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores		*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores


	[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|center\|thumb]]<br />

	λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.		λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.

Line 28:		Line 28:

	*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.		*Der e-value oder expectation value korrigiert den P-Value für einen Suchraum der Größe N. Es ist die Wahrscheinlichkeit, dass ein Ereignis im Suchraum N durch Zufall eintritt.
			[[File:BLAST4.jpeg\|300px\|center\|thumb]]<br />
	*An verschiedenen Tagen berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen Tagen unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit, dass ein Treffer durch Zufall gefunden wurde, ist umso höher, je größer die Datenbank war, mit der der e-Value bestimmt wurde.		*An verschiedenen Tagen berechnete e-values sind nicht vergleichbar, weil die Größe der Datenbank m an verschiedenen Tagen unterschiedlich sein kann. Die Wahrscheinlichkeit, dass ein Treffer durch Zufall gefunden wurde, ist umso höher, je größer die Datenbank war, mit der der e-Value bestimmt wurde.

Line 64:		Line 65:

	Die Erstellung von BLOSUM X basiert auf dem Sequenzvergleich von solchen Sequenzen, die zu mind. X% verwandt sind. Bei BLOSUM80 wurden also näherverwandte Sequenzen verglichen als bei BLOSUM45, weswegen höhere Scores in der Diagonalen vorhanden sind.		Die Erstellung von BLOSUM X basiert auf dem Sequenzvergleich von solchen Sequenzen, die zu mind. X% verwandt sind. Bei BLOSUM80 wurden also näherverwandte Sequenzen verglichen als bei BLOSUM45, weswegen höhere Scores in der Diagonalen vorhanden sind.

			[[File:BLAST2.jpeg\|600px\|center\|thumb]]<br />

Pge at 18:30, 4 October 2020

2020-10-04T18:30:33Z

← Older revision		Revision as of 20:30, 4 October 2020
Line 11:		Line 11:
	*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores		*log_2 skalierte Version des normalisierten Scores

	[[File:BLAST3.jpeg\|~~400px~~\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLAST3.jpeg\|200px\|center\|thumb]]<br />

	λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.		λ und k sind Karlin-Altschul-Paramter und ergeben sich aus der Scoring-Funktion.