10 BLAST - Revision history

Mka: /* BLAST */

2021-01-31T15:08:52Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 17:08, 31 January 2021
Line 71:		Line 71:
	+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)		+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)

	Auf diese Weise gibt es aus 20^3 Kombinationsmöglichkeiten eine Liste mit meist weniger als 50 Kombinationen, bei denen der Threshold nicht unterschritten wird.		Auf diese Weise gibt es aus <math>20^3</math> Kombinationsmöglichkeiten eine Liste mit meist weniger als 50 Kombinationen, bei denen der Threshold nicht unterschritten wird.

	*3. Suche alle Wörter aus dieser Liste in der Datenbank (Hier: ''E. Coli'' Proteom) und bestimme die Position. Erweitere nun Treffer nach links & rechts bis der Score dieser Erweiterungen kleiner wird (genannt 'Score').		*3. Suche alle Wörter aus dieser Liste in der Datenbank (Hier: ''E. Coli'' Proteom) und bestimme die Position. Erweitere nun Treffer nach links & rechts bis der Score dieser Erweiterungen kleiner wird (genannt 'Score').

Mka: /* BLAST */

2021-01-31T15:05:47Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 17:05, 31 January 2021
Line 46:		Line 46:
	* Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten		* Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten
	* Liefert eine schnelle Suche einer Sequenz in einer Sequenz-Datenbank		* Liefert eine schnelle Suche einer Sequenz in einer Sequenz-Datenbank
			* Es dient zur Struktur- und Funktionsvorhersage.

	'''Grundgerüst des Algorithmus:'''		'''Grundgerüst des Algorithmus:'''
Line 57:		Line 58:
	VEP		VEP

	*2. Erzeuge für jedes Wort eine Liste ähnlicher Sequenzen mit Score 'W' W > Threshold (Threshold=13 für AS-Sequenzen basierend auf BLOSUM)		*2. Erzeuge für jedes Wort eine Liste ähnlicher Sequenzen mit Score 'W'. W > Threshold (Threshold=13 für AS-Sequenzen basierend auf BLOSUM)
	'''P Q G'''		'''P Q G'''
	P Q G		P Q G
Line 66:		Line 67:
	+7+1+6=14		+7+1+6=14
	P '''S''' G		P '''S''' G
	+7 0+6=13		+7+0+6=13
	P '''T''' G		P '''T''' G
	+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)		+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)

Pge: /* BLAST */

2020-10-04T23:30:20Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 01:30, 5 October 2020
Line 58:		Line 58:

	*2. Erzeuge für jedes Wort eine Liste ähnlicher Sequenzen mit Score 'W' W > Threshold (Threshold=13 für AS-Sequenzen basierend auf BLOSUM)		*2. Erzeuge für jedes Wort eine Liste ähnlicher Sequenzen mit Score 'W' W > Threshold (Threshold=13 für AS-Sequenzen basierend auf BLOSUM)
	P Q G		'''P Q G'''
	P Q G		P Q G
	+7+5+6=18		+7+5+6=18

Pge: /* BLAST */

2020-10-04T23:29:35Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 01:29, 5 October 2020
Line 61:		Line 61:
	P Q G		P Q G
	+7+5+6=18		+7+5+6=18
	P E G (Da Q durch E ausgetauscht worden ist)		P '''E''' G (Da Q durch E ausgetauscht worden ist)
	+7+2+6=15		+7+2+6=15
	P K G		P '''K''' G
	+7+1+6=14		+7+1+6=14
	P S G		P '''S''' G
	+7 0+6=13		+7 0+6=13
	P T G		P '''T''' G
	+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)		+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)

	Auf diese Weise gibt es aus 20^3 Kombinationsmöglichkeiten eine Liste mit meist weniger als 50 Kombinationen, bei denen der Threshold nicht unterschritten wird.		Auf diese Weise gibt es aus 20^3 Kombinationsmöglichkeiten eine Liste mit meist weniger als 50 Kombinationen, bei denen der Threshold nicht unterschritten wird.

	*3. Suche alle Wörter aus dieser Liste in der Datenbank (Hier: ''E. Coli'' Proteom) und bestimme die Position. Erweitere nun Treffer nach links & rechts bis der Score dieser Erweiterungen kleiner wird (genannt 'Score').		*3. Suche alle Wörter aus dieser Liste in der Datenbank (Hier: ''E. Coli'' Proteom) und bestimme die Position. Erweitere nun Treffer nach links & rechts bis der Score dieser Erweiterungen kleiner wird (genannt 'Score').

Pge: /* BLAST */

2020-10-04T23:28:05Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 01:28, 5 October 2020
Line 78:		Line 78:
	...A '''P E G''' S I E I... (hier: ''E. coli'' Proteom)		...A '''P E G''' S I E I... (hier: ''E. coli'' Proteom)
	'''P Q G'''		'''P Q G'''
	+15		+15 S V E P...
			+4+3+5'''-3''' (wird kleiner, deswegen Abbruch)
			Score: 27
			Wenn 27 größer ist als vordefinierter cutoff --> '''HSP'''

	*5. Lokales Alignment mit Smith-Waterman: Erweitere alle '''HSPs''' durch lokale alignments soweit wie möglich und berechne 'echte' Alignment-Scores. Dabei können nun auch wieder gaps berücksichtigt werden.		*5. Lokales Alignment mit Smith-Waterman: Erweitere alle '''HSPs''' durch lokale alignments soweit wie möglich und berechne 'echte' Alignment-Scores. Dabei können nun auch wieder gaps berücksichtigt werden.

Pge: /* BLAST */

2020-10-04T23:24:54Z

BLAST

← Older revision		Revision as of 01:24, 5 October 2020
Line 56:		Line 56:
	SVE		SVE
	VEP		VEP

			*2. Erzeuge für jedes Wort eine Liste ähnlicher Sequenzen mit Score 'W' W > Threshold (Threshold=13 für AS-Sequenzen basierend auf BLOSUM)
			P Q G
			P Q G
			+7+5+6=18
			P E G (Da Q durch E ausgetauscht worden ist)
			+7+2+6=15
			P K G
			+7+1+6=14
			P S G
			+7 0+6=13
			P T G
			+7-1+6=12 (Und damit ist der Threshold T=13 unterschritten)

			Auf diese Weise gibt es aus 20^3 Kombinationsmöglichkeiten eine Liste mit meist weniger als 50 Kombinationen, bei denen der Threshold nicht unterschritten wird.

			*3. Suche alle Wörter aus dieser Liste in der Datenbank (Hier: ''E. Coli'' Proteom) und bestimme die Position. Erweitere nun Treffer nach links & rechts bis der Score dieser Erweiterungen kleiner wird (genannt 'Score').

			*4. Wenn der Score 'Score' größer ist als der -zu definierende- cutoff score 'S', handelt es sich um ein high-scoring-pair ('''HSP''')

			...A '''P E G''' S I E I... (hier: ''E. coli'' Proteom)
			'''P Q G'''
			+15


			*5. Lokales Alignment mit Smith-Waterman: Erweitere alle '''HSPs''' durch lokale alignments soweit wie möglich und berechne 'echte' Alignment-Scores. Dabei können nun auch wieder gaps berücksichtigt werden.

Pge at 23:03, 4 October 2020

2020-10-04T23:03:45Z

← Older revision		Revision as of 01:03, 5 October 2020
Line 41:		Line 41:
	Der Score von '''A1''' sieht vielversprechender aus als der Score von A2		Der Score von '''A1''' sieht vielversprechender aus als der Score von A2
	BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)		BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)

			== BLAST ==
			*'''B'''asic '''l'''ocal '''a'''lignment '''s'''earch '''t'''ool
			* Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten
			* Liefert eine schnelle Suche einer Sequenz in einer Sequenz-Datenbank

			'''Grundgerüst des Algorithmus:'''
			*1. Zerlege 'query' (hier unbekanntes humanes Protein) in Worte der Länge 'l' (l=3 für Proteine; l=11 für DNA)

			PQGSVEP
			PQG
			QGS
			GSV
			SVE
			VEP

Pge: /* Substitutionsmatritzen */

2020-10-04T22:55:01Z

Substitutionsmatritzen

← Older revision		Revision as of 00:55, 5 October 2020
Line 33:		Line 33:
	+4+1+7+3+4 = 19		+4+1+7+3+4 = 19

	'''A2'''		'''A2:'''
	A S P I V		A S P I V
	A V P G V		A V P G V
	+4-2+7-4+4 = 9		+4-2+7-4+4 = 9

			[[File:BLOSUM62 MATRIX.png\|700px\|center\|thumb]]<br />
	Der Score von '''A1''' sieht vielversprechender aus als der Score von A2		Der Score von '''A1''' sieht vielversprechender aus als der Score von A2

	~~[[File:BLOSUM62 MATRIX.png\|700px\|center\|thumb]]<br />~~
	BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)		BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)

Pge: /* Substitutionsmatritzen */

2020-10-04T22:54:10Z

Substitutionsmatritzen

← Older revision		Revision as of 00:54, 5 October 2020
Line 28:		Line 28:

	'''A1:'''		'''A1:'''
	A\|S\|P\|I\|V		A S P I V
	A\|T\|P\|V\|V		A T P V V
	Nun entsprechend Werte in BLOSUM Matrix nachschlagen: A+A=4 S+T=1 P+P=7 I+V=3 V+V=4		Nun entsprechend Werte in BLOSUM Matrix nachschlagen: A+A=4 S+T=1 P+P=7 I+V=3 V+V=4
	+4\|+1\|+7\|+3\|+4\|		+4+1+7+3+4 = 19

	'''A2'''		'''A2'''
	~~ASPIV~~		A S P I V
	~~AVPGV~~		A V P G V
			+4-2+7-4+4 = 9

			Der Score von '''A1''' sieht vielversprechender aus als der Score von A2

	[[File:BLOSUM62 MATRIX.png\|700px\|center\|thumb]]<br />		[[File:BLOSUM62 MATRIX.png\|700px\|center\|thumb]]<br />
	BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)		BLOSUM Matritzen mit hohen Zahlen (BLOSUM80) werden für nah verwandte Organismen verwendet, während BLOSUM Matritzen mit niedrigeren Zahl (BLOSUM40) für weit entfernte Organismen verwendet werden können. So wurde für die BLOSUM80 Matrix Sequenzen mit mehr als 80% Identität zusammengefügt, sodass alle verbleibenden Sequenzen untereinander verglichen weniger als 80% Identität hatten (gleiches gilt entsprechend für die anderen BLOSUM x% Matritzen)

Pge: /* Substitutionsmatritzen */

2020-10-04T22:49:59Z

Substitutionsmatritzen

← Older revision		Revision as of 00:49, 5 October 2020
Line 28:		Line 28:

	'''A1:'''		'''A1:'''
	~~ASPIV~~		A\|S\|P\|I\|V
	~~ATPVV~~		A\|T\|P\|V\|V
			Nun entsprechend Werte in BLOSUM Matrix nachschlagen: A+A=4 S+T=1 P+P=7 I+V=3 V+V=4
			+4\|+1\|+7\|+3\|+4\|

	'''A2'''		'''A2'''