1. Datenbanken - Revision history

Mka: /* d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen */

2021-01-31T15:55:40Z

d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen

← Older revision		Revision as of 17:55, 31 January 2021
Line 60:		Line 60:
	=== d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen ===		=== d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen ===
	Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert? <br>		Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert? <br>
	~~LDHA → ENSG00000134333 <br>~~
	Expressionslevel von LDHA im Herzen (Human Proteome Map) <br>		Expressionslevel von LDHA im Herzen (Human Proteome Map) <br>
	* adult: 0,0004281 (low)		* adult: 0,0004281 (low)
	* fetal: 0,0014373 (medium) <br>		* fetal: 0,0014373 (medium) <br>
			*LDHA → ENSG00000134333 <br>

	Im fetalen Stadium ist LDHA höher exprimiert, als im adulten Stadium.		Im fetalen Stadium ist LDHA höher exprimiert, als im adulten Stadium.

Mka: /* Aufgabe 1: Datenbanken */

2021-01-31T15:54:01Z

Aufgabe 1: Datenbanken

← Older revision		Revision as of 17:54, 31 January 2021
Line 1:		Line 1:
	== Aufgabe 1: Datenbanken ==		== Aufgabe 1: Datenbanken ==
	Nutzen Sie für die Lösung dieser Aufgabe die Datenbank [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] des EBI.		Nutzen Sie für die Lösung dieser Aufgabe die Datenbank [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] des EBI.

			Datenstand: 04/2019
	=== a. Recherche Log<sub>2</sub>-fold change===		=== a. Recherche Log<sub>2</sub>-fold change===
	Suchen Sie die Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen. Geben Sie die 3 Gene an, welche mit einem Log<sub>2</sub>-fold change von über 4 vor der Anakinra Behandlung im Vergleich zum normalen Phänotyp hochreguliert sind. Geben Sie außerdem die dazugehörigen, angepassten p-Werte an. <br>		Suchen Sie die Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen. Geben Sie die 3 Gene an, welche mit einem Log<sub>2</sub>-fold change von über 4 vor der Anakinra Behandlung im Vergleich zum normalen Phänotyp hochreguliert sind. Geben Sie außerdem die dazugehörigen, angepassten p-Werte an. <br>

Pge at 09:04, 3 October 2020

2020-10-03T09:04:58Z

@@ Line 1: / Line 1: @@
-== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray ==
+== Aufgabe 1: Datenbanken ==
 Nutzen Sie für die Lösung dieser Aufgabe die Datenbank [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] des EBI.
 === a. Recherche Log<sub>2</sub>-fold change===

Pge: Pge moved page 1.Datenbanken to 1. Datenbanken

2020-05-04T08:03:43Z

Pge moved page 1.Datenbanken to 1. Datenbanken

← Older revision

Revision as of 10:03, 4 May 2020

Pge: Pge moved page Übung 1 to 1.Datenbanken

2020-05-04T08:02:41Z

Pge moved page Übung 1 to 1.Datenbanken

← Older revision

Revision as of 10:02, 4 May 2020

Patrick Melichar: /* a. Vergleich von Microarray und RNASeq */

2019-05-08T17:08:32Z

a. Vergleich von Microarray und RNASeq

← Older revision		Revision as of 19:08, 8 May 2019
Line 1:		Line 1:
	== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray ==		== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray ==
	=== a. Vergleich von Microarray und RNASeq ===		=== a. Vergleich von Microarray und RNASeq ===
	Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von [[RNASeq]] und [[Microarray]].<br>		Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von [[RNAseq\|RNASeq]] und [[Microarrays\|Microarray]].<br>
	{\| class="wikitable"		{\| class="wikitable"
	\|+ style="padding-bottom:1em"\| Vergleich von Microarray und RNASeq		\|+ style="padding-bottom:1em"\| Vergleich von Microarray und RNASeq
Line 24:		Line 24:
	\|-		\|-
	\|}		\|}

	=== b. Funktionsweise von Microarray und RNASeq ===		=== b. Funktionsweise von Microarray und RNASeq ===
	Auf welchem Prinzip beruht die RNA-Sequenzierung, auf welchem das Microarray? <br>		Auf welchem Prinzip beruht die RNA-Sequenzierung, auf welchem das Microarray? <br>

Vero: /* d. ENSG Nummer LDHA */

2019-04-30T03:13:24Z

d. ENSG Nummer LDHA

← Older revision		Revision as of 05:13, 30 April 2019
Line 100:		Line 100:
	#* Log<sub>2</sub>-fold change des Gens LDHA: - 2,2 (''p''-value: 8,1727*10<sup>-7</sup>)		#* Log<sub>2</sub>-fold change des Gens LDHA: - 2,2 (''p''-value: 8,1727*10<sup>-7</sup>)

	=== d. ENSG Nummer LDHA ===		=== d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen ===
	Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert? <br>		Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert? <br>
	LDHA → ENSG00000134333 <br>		LDHA → ENSG00000134333 <br>

Vero: Created page with "== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray == === a. Vergleich von Microarray und RNASeq === Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von RNASeq und Microarray.
2019-04-30T03:10:53Z

Created page with "== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray == === a. Vergleich von Microarray und RNASeq === Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von RNASeq und Microarray.<br..."

New page
== Aufgabe1: RNASeq vs. Microarray ==
=== a. Vergleich von Microarray und RNASeq ===
Erläutern Sie die Gemeinsamkeiten und Unterschiede von [[RNASeq]] und [[Microarray]]. 
{| class="wikitable"
|+ style="padding-bottom:1em"| Vergleich von Microarray und RNASeq
|- class="hintergrundfarbe6"
! style="width:20%"| Eigenschaft !! style="width:30%"| Microarray !! style="width:30%"| RNASeq
|-
| Kosten ||colspan="3" style="text-align:center"| in etwa gleich
|-
| Methode ||colspan="3" style="text-align:center"| Transcriptomics, Analyse von RNA Vorgang bis zur Herstellung der cDNA gleich
|-
| Prinzip || Hybridisierung || Hochdurchsatz Sequenzierung
|-
| Auflösung || einige bis 100 bp || Einzelbase
|-
| Hintergrundrauschen || hoch || gering
|-
| Dynamischer Bereich || bis 100fach || > 8000fach
|-
| Isoformen || teilweise || ja
|-
| Benötigte RNA-Menge || hoch || gering
|-
|}
=== b. Funktionsweise von Microarray und RNASeq ===
Auf welchem Prinzip beruht die RNA-Sequenzierung, auf welchem das Microarray? 
Erklären Sie kurz die Funktionsweise beider Methoden. 

'''Funktionsweise RNASeq:''' 
→ Sequenz-basierte Methode 
1. Isolierung der Zellen aus den zu vergleichenden Zelllinien. 
2. Isolierung der mRNA. 
3. Herstellung der cDNA mit Hilfe der reversen Transkriptase. 
4. Fragmentierung der cDNA, Ligation an Adapter und Amplifikation mit PCR. 
5. Sequenzierung der Fragmente. 
6. Vergleich der erhaltenen Sequenzen mit dem Referenzgenom, zur Analyse der Expression. 

'''Funktionsweise Microarray:''' 
→ Hybridisierungs-basierte Methode 
Schritt 1 bis 3, siehe RNASeq. 
4. Markierung der zu vergleichenden cDNAs mit unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen. 
5. Hybridisierung der markierten DNA auf Microarray mit bekannten Transkript-Proben (komplementär). 
6. Bei erfolgreicher Hybridisierung entsteht Fluoreszent, die detektiert wird. Durch die unterschiedliche Markierung (Farbe), die Position auf dem Chip und die Stärke der Fluoreszenz kann die Expression der zu vergleichenden Zellen analysiert werden. 
== Aufgabe 2: Datenbanken ==
Nutzen Sie für die Lösung dieser Aufgabe die Datenbank [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] des EBI.
=== a. Recherche Log2-fold change===
Suchen Sie die Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen. Geben Sie die 3 Gene an, welche mit einem Log2-fold change von über 4 vor der Anakinra Behandlung im Vergleich zum normalen Phänotyp hochreguliert sind. Geben Sie außerdem die dazugehörigen, angepassten p-Werte an. 

{| class="wikitable"
|+ style="padding-bottom:1em"| Log2-fold change von über 4 bei der Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen
|- class="hintergrundfarbe6"
! style="width:15%"| Gen !! style="width:20%"| Log2-fold change !! style="width:20%"| ''p''-value
|-
|style="text-align:center"| UNC93B3 || style="text-align:center"| 4,9 || style="text-align:center"| 1,209710-12
|-
|style="text-align:center"| C4BPA ||style="text-align:center"| 4,3 || style="text-align:center"| 1,128910-19
|-
|style="text-align:center"| MTRNR2L8 || style="text-align:center"| 5,7 || style="text-align:center"| 1,648710-42
|}
'''Lösungsweg:''' 
# Im [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] den Reiter 'Browse Experiments' öffnen.
# Suche mit den gegebenen Informationen durchführen, das Ergebnis ist dann das Experiment mit dem Titel 'An activating NLRC4 inflammasome mutation causes autoinflammation with recurrent macrophage activation syndrome'.
# Die Ergebnisse dieses Experimentes liefern auch einen Vergleich der Genexpressionen von 'NLRC4-Macrophage Activation Syndrome; prior to anakinra treatment' vs. 'normal'.

=== b. Expressionslevel des Gens LDHA ===
Geben Sie die Expressionslevel (in TPM) des Gens LDHA aus dem Experiment „Expression data from 7 Human Melanomas“ an. 

{| class="wikitable"
|+ style="padding-bottom:1em"| Expressionslevel des Gens LDHA aus dem Experiment 'Expression data from 7 Human Melanomas'
|- class="hintergrundfarbe6"
! style="width:20%"| Zelllinie !! style="width:20%"| Expressionslevel [TPM]
|-
|style="text-align:center"| A2058 || style="text-align:center"| 1085
|-
| style="text-align:center"| A375 || style="text-align:center"| 729
|-
|style="text-align:center"| C32 ||style="text-align:center"| 1192
|-
| style="text-align:center"| Malme3M || style="text-align:center"| 295
|-
|style="text-align:center"| SKMEL5 || style="text-align:center"| 568
|-
|style="text-align:center"| SKMEL28 || style="text-align:center"| 1677
|-
| style="text-align:center"| WM2664 || style="text-align:center"| 789
|}
 
# In [https://www.ebi.ac.uk/gxa/experiments Experiments in Expression Atlas] nach dem Experiment 'Expression data from 7 Human Melanomas' suchen.
# In dem Experiment nach den Ergebnissen des Gens 'LDHA' suchen.
=== c. Datenbankrecherche zu 'HER2 Positive Breast Carcinoma' ===
Bei der Untersuchung von 17 Brustkrebsproben (HER2 Positive Breast Carcinoma) aus drei verschiedenen Subtypen zeigte sich im Vergleich zu normalen menschlichen Brustzellen welcher Log2-fold change des Gens LDHA? Geben Sie grob Ihr Vorgehen wieder, mit dem Sie das Ergebnis in der Datenbank gefunden haben. 

# [https://www.ebi.ac.uk/gxa/home Expression Atlas] – Home, Suche
# Gene/Gene properties → ‚HER2‘ & ‚LDHA‘ Species → ‚Homo sapiens‘ Biological conditions → ‚positive breast carcinoma‘
# Im Suchergebnis den Reiter ‚differential expression‘ öffnen
# Ergebnis:
# Name des Experiments: ‚RNA-Seq. Of 17 breast tumor samples of three different subtypes and normal human breast organoids samples‘
#* Vergleich: ‚HER2 Positive Breast Carcinoma, breast carcinoma‘ vs. ‚normal‘
#* Log2-fold change des Gens LDHA: - 2,2 (''p''-value: 8,172710-7)

=== d. ENSG Nummer LDHA ===
Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert? 
LDHA → ENSG00000134333 
Expressionslevel von LDHA im Herzen (Human Proteome Map) 
adult: 0,0004281 (low)
* fetal: 0,0014373 (medium) 
Im fetalen Stadium ist LDHA höher exprimiert, als im adulten Stadium.