1 Datenbanken

Man unterscheidet zwei Arten von Datenbanken: Primär- und Sekundärdatenbanken.

Primärdatenbanken

• Primärdatenbanken enthalten experimentell ermittelte Daten
• man unterscheidet zwischen zwei Konzepten:

1. Datenbanken in die nach minimaler Konsistenzprüfung Sequenzdaten hochgeladen werden können z.B. EMBL und DDB

• Vorteil: schnelle öffentliche Verfügbarkeit der Sequenzen
• Nachteil: fehlende Qualitätsprüfung

2. curated Datenbanken sind Datenbanken in der jeder Eintrag geprüft wird z.B. PIR

• Vorteil: Qualitätssicherung
• Nachteil: fehlende Aktualität

Man unterscheidet Datenbaken auch abhängig von den gespeicherten biologischen Daten

Genomdatenbanken

• Genomsequenzen, mRNAs, tRNAs rRNAs, microRNAs und Sequenzpolymorphismen lassen sich in konsistenter gemeinsamer Ansicht darstellen

z.B. ENSEMBL-Datenbank, GoldenPath-Browser

Motivdatenbanken

• ermöglicht die schnelle Identifizierung von konservierten Sequenzen, die für wichtige Proteinstrukturen codieren
• so lässt sich schnell die Funktion unbekannter Proteine abschätzen und Proteine aufgrund ihrer Funktion in Proteinfamilien einordnen

z.B. BLOCKS, Prosite, ProDom

Molekulare Strukturdatenbank

• primäre Datenbanken für Proteinstrukturen (3D Strukturen) z.B. PDB

Transkriptomdatenbanken

• Funktionelle Genomik Daten

z.B. SAGE, ArrayExpress, GEO

Refernezdatenbanken

• stellen den Bezug zwischen einem Datenbankeintrag in einer Sequenzdatenbank und der wissenschaftlichen Originalliteratur zu dem zugehörigen Gen bzw. Protein her z.B. PubMed

Sekundärdatenbank

• Sekundärdatenbanken enthalten abgeleitete oder vorhergesagte Daten z.B. Expression Atlas, Uniprot

Weiterführendes

Überblick über biologische Datenbanken und die open-access Philosophie der Hauptanbieter:

https://www.ebi.ac.uk/training-beta/online/courses/bioinformatics-terrified/the-role-of-public-databases/