1. Datenbanken

Aufgabe 1: Datenbanken

Nutzen Sie für die Lösung dieser Aufgabe die Datenbank Expression Atlas des EBI.

Datenstand: 04/2019

a. Recherche Log₂-fold change

Suchen Sie die Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen. Geben Sie die 3 Gene an, welche mit einem Log₂-fold change von über 4 vor der Anakinra Behandlung im Vergleich zum normalen Phänotyp hochreguliert sind. Geben Sie außerdem die dazugehörigen, angepassten p-Werte an.

Log₂-fold change von über 4 bei der Analyse der NLRC4 Inflammasom Mutation im Menschen

Gen	Log2-fold change	p-value
UNC93B3	4,9	1,2097*10-12
C4BPA	4,3	1,1289*10-19
MTRNR2L8	5,7	1,6487*10-42

Lösungsweg:

1. Im Expression Atlas den Reiter 'Browse Experiments' öffnen.
2. Suche mit den gegebenen Informationen durchführen, das Ergebnis ist dann das Experiment mit dem Titel 'An activating NLRC4 inflammasome mutation causes autoinflammation with recurrent macrophage activation syndrome'.
3. Die Ergebnisse dieses Experimentes liefern auch einen Vergleich der Genexpressionen von 'NLRC4-Macrophage Activation Syndrome; prior to anakinra treatment' vs. 'normal'.

b. Expressionslevel des Gens LDHA

Geben Sie die Expressionslevel (in TPM) des Gens LDHA aus dem Experiment „Expression data from 7 Human Melanomas“ an.

Expressionslevel des Gens LDHA aus dem Experiment 'Expression data from 7 Human Melanomas'

Zelllinie	Expressionslevel [TPM]
A2058	1085
A375	729
C32	1192
Malme3M	295
SKMEL5	568
SKMEL28	1677
WM2664	789

1. In Experiments in Expression Atlas nach dem Experiment 'Expression data from 7 Human Melanomas' suchen.
2. In dem Experiment nach den Ergebnissen des Gens 'LDHA' suchen.

c. Datenbankrecherche zu 'HER2 Positive Breast Carcinoma'

Bei der Untersuchung von 17 Brustkrebsproben (HER2 Positive Breast Carcinoma) aus drei verschiedenen Subtypen zeigte sich im Vergleich zu normalen menschlichen Brustzellen welcher Log2-fold change des Gens LDHA? Geben Sie grob Ihr Vorgehen wieder, mit dem Sie das Ergebnis in der Datenbank gefunden haben.

1. Expression Atlas – Home, Suche
2. Gene/Gene properties → ‚HER2‘ & ‚LDHA‘
   Species → ‚Homo sapiens‘
   Biological conditions → ‚positive breast carcinoma‘
3. Im Suchergebnis den Reiter ‚differential expression‘ öffnen
4. Ergebnis:
   • Name des Experiments: ‚RNA-Seq. Of 17 breast tumor samples of three different subtypes and normal human breast organoids samples‘
   • Vergleich: ‚HER2 Positive Breast Carcinoma, breast carcinoma‘ vs. ‚normal‘
   • Log₂-fold change des Gens LDHA: - 2,2 (p-value: 8,1727*10^-7)

d. ENSG Nummer LDHA & Expression im Herzen

Welche Ensembl gene (ENSG) Nummer hat LDHA? Welches Expressionslevel weist LDHA laut der Human Proteome Map im Herzen von Menschen im adulten bzw. fetalen Stadium auf? In welchem Stadium ist LDHA höher exprimiert?

Expressionslevel von LDHA im Herzen (Human Proteome Map)

• adult: 0,0004281 (low)
• fetal: 0,0014373 (medium)
  
• LDHA → ENSG00000134333
  

Im fetalen Stadium ist LDHA höher exprimiert, als im adulten Stadium.